1911年10月10日，武昌革命爆发。当时的蔡元培还身在德国，正在一所德国小镇的中学里埋头于他的心理学实验。这时，从遥远的东方传来了辛亥革命的隆隆炮声。蔡元培敏锐地感觉到：划时代的转折来临了！
蔡元培马上提前结束了他的研究，赶到德国首都柏林随时了解国内革命形势的进展。他和那里的中国留学生们一起阅读报章上有关中国革命的报道，相互联络，想办法响应国内的革命。
这时，上海光复后被推为沪军都督的陈其美给蔡元培来电报促其回国，蔡元培即取道西伯利亚，于11月28日抵达上海。
从此，蔡元培投身到了创建民国的事业。
孙.中.山在筹建临时政.府时，本提名章太炎入阁任教育部长，因章太炎性情率直，与同志多有积怨，反对的人很多，于是，孙.中.山把人选改为大家眼中温和宽厚的蔡元培。
1912年元旦，中华民国南京临时政.府成立，孙.中.山被一众革命党人推为临时大总统。孙中山在组建政.府部门的时候，任命学界革命党人中声望卓着的蔡元培当教育总长。
蔡元培本来曾有过“以身许国，功成身退”誓言，这时候孙中山要他去政府中当官，蔡元培先是婉辞。但眼见国家初创、百废待举，还远远没到“功成身退”的时候，而且孙中山派来的代表说，您这样德高望重的人如果不就任，恐怕其他的职位大家都不好就任了。于是1912年1月5日，蔡元培便以民国教育总长的身份，出现在了南京临时政府的首次国务会议上。
这时的南京临时政府初创，可谓无钱无粮。教育总长蔡元培曾问过给予他任命的临时大总统孙中山，教育部在何处办公，结果孙中山答以“此须汝自行寻觅，我不能管也”。后来，时任江苏都督府内务司长的马相伯先生，借给蔡元培内务司办公楼的三间屋子，蔡元培的教育部这才开了张。
有一天，总统府通知去领教育部的办公大印。教育部人手少，连跑腿的杂役也派不出。当了总长的蔡元培也不管什么身份，自己挟了块白布，坐着人力车去总统府领了大印，用布包着带回教育部。
办公条件可以简陋，排场也可以不讲，但用人是不能有半点马虎。在延揽部内人员时，蔡元培力求用一流的人才。许寿裳、周树人（鲁迅）、蒋维乔、钟观光、俞大纯等大师级的人物，就是在蔡元培任教育总长时陆续进入了教育部。
有一个年仅23岁的陌生青年，叫王云五，他给蔡元培写了一封信，力陈如何办好民国高等教育。蔡元培细阅之下，觉得信中的意见很中肯，力邀王云五到教育部兼职。
这个王云五，后来成为着名的出版家、曾任商务印书馆总经理。
两人从此也缔结下了近30年的忘年深交，1940年蔡元培在香港逝世，王云五是朋友中唯一随侍病榻的送终者。
一天，蔡元培在报上看到《孔学商榷》一文，看后很是欣赏，一打听，写文章的这个叫胡玉缙的作者是清末学部的部员，蔡元培也邀请他到教育部工作。
蔡元培用人的另一个原则是“为事择人，不设冗员”。诺大的一个教育部，连誊写杂务在内只三十余人，不足其他部门的三分之一。
万事开头难，开头的事情也特别繁杂，如摸底各地的教育状况，有多少各级各类的学校，使用的教材情况。当时，教育部的各位同仁工作都特别紧张，有人说，“其工作气氛颇似书局之编译所，而绝少官衙习气”。
当时，部内除总长和次长外，统称筹备员，无官职和等级之分。每人每月薪俸，均为几十元，次长和总长也不例外，酷似黎元洪领导下的首义之后的湖北军政府。
中国古代至晚清，中式的传统教育主要发展出了以下几种形式：
(一)府学和县学。它们是为开科取士而设立的，是地方性的官学，属于教育、研究和行政的统一体，对于一个地方的教育发展起着指导作用。府学与县学由官府任命教授人员，教学内容专攻儒学。学生主要由学校供给膳食。
(二)书院。它是中国古代特有的教育组织形式，始于唐末五代，至宋代有较大的发展。它的教育目的、教学内容、教学方式和组织管理都有许多不同于府、县学的特点。学习方法以个人钻研为主，学习内容以经学为主，兼学古文、制艺，发展至后期，又兼学历史、舆地、说文、算术、金石。书院经费大都由创建者捐助，少数官办。书院与地方官学相比，规章制度、课程设置较周详，注重精研古学，经费来源主要依靠学田供给。书院掌教人选，大都是素孚众望的学者。
(三)社学和义学。它是元代发展起来的封建社会初等教育单位。至正九年(1349)，达鲁花赤八不沙建立社学一百三十余所。元代社学基本上为官办，明洪武八年(1375)诏府、州、县每五十家立社学一所。
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