蔡元培11岁时，父亲蔡光普不幸病逝。
蔡光普的一生，始终把仁厚、与人为善、阔达作为他立身处世的准则和风范。在经营钱庄时，对于确有困难又特别需要者，即使达不到借贷的条件，也在可能的条件下尽力给予照应。遇到有困难不能按期还贷者，则不忍索还。做生意不是做慈善，对于蔡元培父亲的做法，家里和店里的其他人常有非议，说他是“爱无差等”，但光普老先生依然痴心不改。与他有交往的人，都赞其是“持己接人，都要到极好处”。
有一次，一个小店主因家遭变故无钱进货，在蔡光普的钱庄借了笔钱。因想多赚些钱进的货就多了很多，但销路不好，资金不能回笼而到期无力还贷。钱庄的其他人都认为这人失去还贷能力，主张把这个小店主的货收了，挽回些损失。
蔡元培父亲坚决反对，说人家又不是故意，这样不是把一家人逼上绝路吗？
人们常说，有其父必有其子，父亲的做人，对蔡元培一生产生重大影响。
像蔡元培父亲这样的经营钱庄，家里会有多少积蓄？父亲的病故，使得蔡元培的家境急转直下。
蔡家的亲戚朋友凑在一起商量，打算集一笔钱资助他家。但是，蔡元培的母亲非常要强，就是不肯要。她宁愿典押家产衣物、勤俭度日，也不依赖他人生活。母亲认为，这样做不只是给亲戚们减少了负担，而且还能培养孩子自强自立的精神与生活能力。
所谓坐吃山空，靠不多的积蓄和典押家产衣物能维持多久呢？
是天无绝人之路还是好人终有好报呢！过去那些欠钱庄钱的人，看到钱家困难，都想尽办法还钱。一次还不了就分多次，筹到一点还一点。特别是前边提到的那个小店主，隔一段时间就送来一些钱。有时实在没钱就从店里拿来一些生活必需品。
这样一来，那些先前收不回来的贷款，现在反而转化成储蓄。这个世上，终究还是好人多些。
每有这样的人来家里还钱，总要赞扬一番蔡元培父亲的为人，有人还会讲述一些关于父亲的一些不为蔡元培知道的故事，这往往是对蔡元培的一次熏陶和洗礼。
蔡元培的母亲为人慎言谨行，在和人说话前总是先想好怎么说，说话后又要反省说的有没有错处。母亲的这个习惯也影响了蔡元培的一生。
蔡元培入私塾后，母亲常伴他完成家庭作业。有一次他在灯下苦苦思索作业却不得解，母亲心疼夜深儿疲，就叫他早些睡去，早起再做。不曾想第二日黎明，他起来很快就解决了难题。自此到老，蔡元培都一直秉持被母亲培养出来的习惯——熬夜不如早起。
母亲慈爱但从不宠溺孩子，教子严厉但从不怒骂，看到孩子们的缺点和错处时，就给孩子们指出来并告诉理由，让他们改过。当屡教不改时，蔡母就在清晨孩子还没起床时，掀开被子，毫不客气地用细竹条打屁股，直到其改过为止。
蔡元培后来在晚年自述中说，小时候虽有被细竹条打屁股的体验，却能体谅母亲一片苦心。细竹条打屁股虽痛，但不至于伤着骨头，而且打在屁股上别人看不见，挨了打也不会受到外人的耻笑而丢面子。
少年时代的蔡元培，就在母亲含辛茹苦的培养下，在一种远不宽裕的家境中成长着。后来蔡元培曾经说，他自己宽厚待人的性格来自父亲；不拿人家东西、不随便讲人家坏话的美德则得力于母亲的垂教。
因父亲病逝，家中经济陷于困顿，无力再聘私塾先生，少年的蔡元培便转到对门的乡邻李申甫家设的私塾，在那里继续受童蒙教育。这位李申甫老师，就是那个曾打了蔡元培手心一百多下的严厉的老师。
在那个年代，读书求知是神圣的事业，诸多“寒门出将相”的事迹一再在人们的口耳间代代流传，成为一代代平民读书人最好的励志故事。排除建功立业的功利动机，中国传统文化的精神，也便在这样的勤学苦读中一代代流传下来。
传统的中国社会中，对于一般读书人来说，最重要的事莫过于研习儒学经典，参加科举考试，通过着作文章打开致仕之门。
而科考下标准化答卷就是八股文章。
蔡元培十三岁时开始学做八股文。在跟那位李申甫老师学做八股文一年后，他又转入离家大约半里地的先生王懋修的私塾读书。王先生的私塾里大约有三十个学生。
一次，蔡元培从同学处借到一本《三国演义》，刚看了几页，被王先生看到了，王先生训诫蔡元培，“看不得，陈寿的《三国志》，你们现在尚不可看，况且演义里边所叙的事，真伪参半，不看为妙”。
又一次，蔡元培借了记述东周战国历史的《战国策》来看，王先生又说不能看，他的理由是，如果在考秀才的时候，把《战国策》一类书中的词句典故用在文章里，一定不会被考官容许。
这倒真是老师的一片良苦用心。原因在于，在当时的老师看来，这些书都是杂书，于学无益。
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