“至于前线指挥，”他又拿起数面代表战区的小旗，置于沙盘要冲，“我们将制定详尽的《战区指挥条例》，明确何种情势下，总兵官可临机决断，何种情况必须请示。同时，建立快马驿道与烽火信号并举之急递通道，确保军情瞬息可达。合并之目的，在于消除内耗，凝聚合力，绝非再造新的官僚桎梏。”
关于大都督人选，朱元璋在会前已有示意，此刻更是明确点将：“老二，这副重担，你先担起来。徐天德、常遇春为你副贰。你三人，一者深谙新制，一者老成谋国，一者心思缜密，正可相辅相成。”
此令一下，朱栋于改革中的核心执行地位遂定，亦兼顾了勋贵集团的平衡。徐达与李文忠当即慨然应命，愿倾力辅佐。
战区划分，暗流涌动
“五大战区划分及总兵府设置”方案，由徐达与朱栋共同主持。此工作看似舆图作业，实则牵动无数既得利益者的神经。
当初步方案在委员会传阅时，一直缄默的后军都督府左都督、宋国公冯胜眉峰紧蹙。其后军都督府原辖山西、陕西、四川、漠南、漠北都司，依新案，山西、陕西部分划入中部战区，四川归西部战区，漠南漠北自成重镇亦属西部。这意味着他直辖的疆域与兵力将大幅缩减。
“陛下，吴王殿下，”冯胜斟酌词句，缓声道，“山西、陕西乃边防重镇，历来由后军都督府统筹防务，与漠南漠北成掎角之势。今划归中部战区，是否会削弱对北元余孽的整体防御？且各地将校对本土情势了如指掌，骤然更易防区，恐需时日磨合，若敌寇乘隙来犯，如之奈何？”
其忧并非空穴来风，亦代表了一批原有势力被重新切割的将领之心声。
更为微妙的是秦王朱樉与晋王朱?之态度。二人虽未列席常会，然其于朝中之代言人已委婉表达“关切”。
秦晋二藩地处西北，原本在封国及周边卫所影响力颇深。战区划分后，中央直派的战区总兵官将接管主要防务，其权柄必然受限。虽经朱元璋此前敲打，然涉及根本利益，暗中的抵触情绪如冰下潜流，未曾止息。
朱栋与徐达、朱标反复商议，于战略优先原则下，亦需考量现实阻力，稍作变通。
“宋国公所虑，在于防御体系之完整。”朱栋于会议上解释，“新设西部战区，将统筹四川、乌斯藏、朵甘、哈密及漠南漠北，形成对西域及北方草原的完整防御面。山西、陕西划入中部战区，意在强化京畿西翼屏障，同时与北部战区（辖北平、山东、辽东、岭北）形成东西策应之势，避免以往防线过长、指挥不灵之弊。”
为安抚冯胜，朱元璋决意，由冯胜出任西部战区首任总兵官兼任军事委员会都督同知，授上将衔，使其能于更广阔天地施展。
对秦晋二藩，则在确保中央指挥权前提下，允其护卫军在一定范围内参与本战区防务，并承诺于装备更新上予以适当倾斜，权作妥协。
军衔俸禄，触动根基
“新式军衔、编制与晋升体系”及“新旧军饷体系转换”，由吴琳、李文忠牵头，朱栋、常遇春参与。此部分改革直指数十万官兵切身利益，争议最为激烈。
户部尚书手捧算盘，面露难色，近乎哀诉：“陛下，各位殿下、国公爷！初步核算，仅神策军、北部战区（左军都督府改）、中部战区（中军都督府改）三处试点，若按新饷标准足额发放，岁增饷银逾四百万贯，禄米八十万石！尚未计改制、安置、装备更新之巨额投入！国库……国库虽因新政渐丰，然用度浩繁，实难支撑如此巨耗！”
常遇春闻言，蒲扇般大手猛击案几，声震屋瓦：“没钱？！当兵的就不是爹生娘养，不用养家糊口了？往日那点微薄饷银，够塞牙缝还是能置办衣裳？饿着肚皮，冻着筋骨，如何催动兵马，与敌搏杀？神策军为何能战无不胜？除了火器犀利，吃得饱、穿得暖、赏罚分明，方是根本！”
李文忠相对冷静，然态度同样坚决：“尚书大人，养兵千日，用在一时。若因吝啬钱粮，致军心离散，战力萎靡，待至敌寇破关掠地之时，所失者岂止千万金银？此乃关乎社稷存亡之大事，须算大账，看长远。”
朱栋早有腹案，提出“分级分类，逐步到位”之策：
“首批试点部队，新饷标准务必全额兑现，所需钱粮，由国库优先划拨。同时，暂借吴王府商号及海贸利润一百万贯，充作启动之资，日后由改革增益偿还。”
“至于庞大旧卫所体系，转置方为治本之策。人员分流后，常备军员额得以精简，总体养兵费用于改革初期或见攀升，然随着预备役制度推行及‘战利品审计司’成效显现，未来压力必将缓降。更者，一支兵精粮足、士气高昂的虎贲之师，能速靖边患，广开商路，其带来之长治久安与滚滚财源，岂是眼前耗费可比？”他目视户部尚书，“尚书大人，待改革功成，海内宴然，商路通达，税基广拓，何愁国库不充盈？”
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