此时的赤眉军，早已是强弩之末，军心涣散，根本抵挡不住邓禹的军队，没打几仗就节节败退，最后不得不放弃长安，向西逃窜。
邓禹顺利拿下长安，刘秀得知消息后，大喜过望，下旨嘉奖邓禹，说他“深谋远虑，决胜千里，功盖天下”，还派人送去了大量的金银珠宝，犒劳邓禹和他的士兵。
可就在邓禹志得意满的时候，意外发生了。
赤眉军虽然败退，但实力还在，他们向西逃窜的时候，又收服了不少零散的义军，兵力很快又恢复到了几十万。
而邓禹因为接连打胜仗，手下的将领们开始骄傲自满，军纪也渐渐松弛，加上长安刚经历战乱，粮草匮乏，士兵们的士气开始低落。
赤眉军抓住机会，突然掉头反攻，邓禹猝不及防，打了个大败仗，手下的士兵死伤惨重，不得不放弃长安，向东撤退。
这是邓禹这辈子打得最惨的一场败仗，也是他人生中最大的一次挫折。
他带着残兵败将一路向东，心里又愧疚又自责，觉得自己辜负了刘秀的信任。
刘秀得知邓禹战败的消息后，并没有责怪他，反而派人安慰他说：“胜败乃兵家常事，仲华不必自责，关中地势险要，赤眉军实力雄厚，能打成这样，已经很不错了。你先休整兵马，养精蓄锐，等时机成熟，再卷土重来。”
刘秀的宽容，让邓禹更加愧疚，他暗下决心，一定要报仇雪恨，夺回长安。
可急于求成，往往会适得其反。
邓禹一心想报仇，不顾手下士兵疲惫，粮草不足，强行带兵攻打赤眉军，结果又打了个大败仗，这一次，损失比上一次更惨重，他身边的士兵只剩下几千人，自己也差点丢了性命。
连续两次大败，邓禹彻底心灰意冷，他知道自己已经不适合再带兵打仗了，于是主动向刘秀请罪，请求辞去大司徒的职务，交出兵权。
刘秀看着邓禹憔悴的样子，心里也不好受，他知道邓禹是因为太想立功才会急功近利，所以并没有批准他辞官，只是让他回京休养，把平定赤眉军的任务交给了冯异。
冯异果然不负众望，按照邓禹之前制定的战略，稳扎稳打，最后在崤底之战中大败赤眉军，收降了几十万士兵，彻底平定了关中。
消息传到京城，邓禹心里五味杂陈，他既为刘秀高兴，也为自己的失败感到惋惜。
而刘秀并没有因为邓禹的失败就疏远他，反而对他更加信任，经常召他入宫，一起商量国家大事，对待他的家人，也格外优厚。
经历过失败的邓禹，也彻底明白了一个道理。
打仗不能只靠勇猛，更要靠谋略；做事不能只靠意气，更要懂得隐忍。
从那以后，他收敛了自己的锋芒，变得更加沉稳内敛，把更多的精力放在了辅佐刘秀治理国家上。
刘秀登基之后，面临的最大问题，就是如何治理这个久经战乱的国家。
百姓流离失所，田地荒芜，国库空虚，还有不少开国功臣居功自傲，难以管束。
邓禹主动站出来，给刘秀提了不少建议。
他建议刘秀轻徭薄赋，减轻百姓的负担，让百姓安心耕种；建议刘秀整顿吏治，任用贤才，严惩贪官污吏；还建议刘秀善待开国功臣，给他们丰厚的赏赐，让他们安享晚年，但同时收回他们的兵权，避免他们拥兵自重。
这些建议，刘秀都一一采纳了。
在邓禹等人的辅佐下，东汉的国力渐渐恢复，百姓安居乐业，社会秩序也慢慢稳定下来，历史上称之为“光武中兴”。
而邓禹自己，更是以身作则。
他虽然身居高位，却从不恃宠而骄，生活十分简朴，不置办田产，不贪图富贵，家里的钱财，大多都用来接济亲戚朋友和贫苦百姓。
他还严格管教自己的子女，教育他们要勤俭持家，忠君爱国，他的十三个儿子，个个都很有出息，要么入朝为官，要么镇守一方，没有一个是纨绔子弟。
更难得的是，邓禹懂得功成身退的道理。
等到天下安定，国家步入正轨之后，他就主动向刘秀请求辞官，说自己年纪大了，身体不好，想回家养老。
刘秀舍不得他，多次挽留，可邓禹态度坚决，刘秀无奈，只好答应了他的请求，赐给他大量的金银珠宝和田地，让他回家安享晚年。
辞官之后的邓禹，彻底放下了朝堂上的纷争，每天在家里读书写字，教导子女，偶尔和老朋友一起喝酒聊天，日子过得悠闲自在。
刘秀也经常派人去看望他，有什么国家大事，还是会派人来征求他的意见，对他的信任，丝毫没有减少。
建武十三年，刘秀再次论功行赏，封邓禹为高密侯，食邑四个县，荣耀至极。
而邓禹始终保持低调，从不参与朝堂上的党派之争，也从不议论朝政，安安稳稳地过着自己的小日子。
汉明帝刘庄即位之后，对邓禹也十分敬重，因为邓禹是先帝的重臣，又德高望重，所以任命他为太傅，让他辅佐自己治理国家。
邓禹推辞不掉，只好再次入朝为官，他尽心尽力辅佐汉明帝，提出了不少治国良策，深受汉明帝的信任和百姓的爱戴。
永平元年，邓禹病重，汉明帝亲自到他家里探望，泪流满面，问他还有什么心愿。
邓禹摇了摇头，说：“我这一生，承蒙先帝和陛下的厚爱，官至太傅，封万户侯，子孙满堂，已经没有任何遗憾了。只希望陛下能勤政爱民，让百姓安居乐业，让大汉江山永固。”
说完这话没多久，邓禹就病逝了，享年五十七岁。
汉明帝得知邓禹去世的消息后，悲痛欲绝，下令厚葬邓禹，追谥他为“元侯”，还把他的灵位放进了太庙，让后人世代祭祀。
后来汉明帝命人绘制云台二十八将的画像，放在南宫云台，邓禹毫无悬念地排在了第一位，这不仅是对他功劳的肯定，更是对他人品的认可。
参考《汉书》
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