永昌元年己丑，公元689年春季，正月乙卯朔，太后在万象神宫举行盛大祭祀典礼。她身着帝王礼服礼帽，腰插大圭，手持镇圭，担任初献；皇帝担任亚献，太子担任终献。祭祀的顺序先是昊天上帝神座，接着是唐高祖、唐太宗、唐高宗，再是魏国先王，最后是五方天帝神座。祭祀完毕后，太后驾临则天门，大赦天下，更改年号。丁巳日，太后驾临明堂，接受文武百官的朝贺。戊午日，太后在明堂宣布政令，颁布九条训诫来约束百官。己未日，太后再次驾临明堂，设宴款待群臣。
二月丁酉日，太后追尊父亲魏忠孝王为周忠孝太皇，母亲为忠孝太后，将父亲在文水的陵墓命名为章德陵，在咸阳的陵墓命名为明义陵，同时设置崇先府负责相关事务。戊戌，太后又追尊鲁公为太原靖王，北平王为赵肃恭王，金城王为魏义康王，太原王为周安成王。
三月甲子日，张光辅暂代纳言一职。
壬申日，太后向正字陈子昂询问当前治理国家的关键要务。陈子昂退朝后，呈上奏疏，认为：“应当放宽刑罚、推崇德行，停止战事、减轻赋税徭役，安抚皇室宗亲，让他们各自安心度日。”奏疏言辞委婉恳切，论述精辟，篇幅将近三千字。
癸酉日，朝廷任命天官尚书武承嗣为纳言，张光辅暂代内史。
夏季，四月甲辰日，朝廷处死辰州别驾汝南王李炜、连州别驾鄱阳公李諲等十二名皇室成员，并将他们的家属流放到巂州。李炜是李恽的儿子，李諲是李元庆的儿子。
己酉日，朝廷处死天官侍郎蓝田人邓玄挺。邓玄挺的女儿是李諲的妻子，他本人又与李炜交好。李諲曾谋划从庐陵迎回唐中宗，还就此事询问过邓玄挺的意见；李炜也曾经对邓玄挺说：“打算采取紧急行动，你觉得怎么样？”邓玄挺都没有回应。最终他因犯了知情不报的罪，与李炜、李諲等人一同被处死。
五月丙辰日，朝廷任命文昌右相韦待价为安息道行军大总管，率军攻打吐蕃。浪穹州蛮族首领傍时昔等二十五部，原本归附吐蕃，到这时前来投降。朝廷任命傍时昔为浪穹州刺史，让他统领本部族的部众。
己巳日，朝廷任命僧人薛怀义为新平军大总管，率军北上征讨突厥。薛怀义率军行进到紫河一带，始终没有遭遇突厥军队，于是在单于台刻石记功，之后率军返回。
此前诸王起兵反叛时，唯有贝州刺史纪王李慎没有参与谋划，但还是受到牵连被关进监狱。秋季，七月丁巳日，李慎被用囚车押往巴州流放，还被改姓为虺氏，走到蒲州时便去世了。他的八个儿子，包括徐州刺史东平王李续等人，先后被处死，家属也被流放到岭南。
李慎的女儿东光县主李楚媛，自幼以孝顺恭谨闻名。她嫁给司议郎裴仲将后，夫妻二人相敬如宾；婆婆生病时，她亲自熬制药膳并亲口尝过再奉上；对待妯娌也十分友善，深得她们的欢心。当时皇室的女子大多崇尚骄奢，她们嘲笑李楚媛生活简朴，说：“富贵的可贵之处，在于能随心所欲、快意生活。如今你独自坚守勤俭吃苦，图的是什么呢？”李楚媛回答说：“我自幼喜爱礼仪，如今亲身践行礼仪，这难道不是随心所欲吗！纵观自古以来的女子，都以恭顺节俭为美德，以放纵奢侈为恶行。我只担心玷污家族的名声，哪里还有别的奢求呢？富贵本是偶然得来的东西，哪里值得向人炫耀！”众人听后都羞愧不已，对她心生敬佩。等到李慎的死讯传来，李楚媛悲痛大哭，甚至呕出几升血；守丧期满后，她将近二十年都不施粉黛、不做修饰。
韦待价的军队抵达寅识迦河后，与吐蕃军队交战，遭遇惨败。当时恰逢大雪，军粮运输中断。韦待价本就没有领兵作战的才能，此时更是手足无措、陷入困窘。士兵们又冷又饿，伤亡惨重，韦待价只好率领残军撤退。太后得知后勃然大怒，丙子日，下令削去韦待价的官籍，将他流放到绣州，同时处死副大总管安西大都护阎温古。安西副都护唐休璟收拢残余的士兵，安抚安西地区的百姓，太后于是任命唐休璟为西州都督。
戊寅日，朝廷任命王本立为同凤阁鸾台三品。
徐敬业兵败后，他的弟弟徐敬真被流放到绣州，后来趁机逃回，打算逃往突厥。途经洛阳时，洛州司马弓嗣业、洛阳令张嗣明资助他继续前行。徐敬真抵达定州时被官府抓获，弓嗣业畏罪上吊自尽。张嗣明和徐敬真为了保全性命，胡乱牵连天下的名士，谎称这些人都有谋反的意图。于是朝野上下有很多人因此被牵连处死。张嗣明还诬告内史张光辅，说他“征讨豫州的时候，私下议论图谶和天文，对朝廷怀有二心”。八月甲申日，张光辅与徐敬真、张嗣明等人一同被处死，家产也被官府查抄没收。
乙未日，秋官尚书太原人张楚金、陕州刺史郭正一、凤阁侍郎元万顷、洛阳令魏元忠，都被免去死罪，流放到岭南。他们都是被徐敬真牵连，被诬陷与徐敬业合谋反叛。临刑前，太后派凤阁舍人王隐客骑马赶来传旨赦免。赦免的消息传到刑场，即将受刑的人都欢呼雀跃，激动得辗转不已；只有魏元忠镇定自若地坐着不动。有人让他起身，他说：“消息是真是假还不确定。”王隐客赶到后，又让他起身，他又说：“等宣读完敕令再说。”等到敕令宣读完毕，他才缓缓起身，行舞蹈跪拜之礼谢恩，脸上始终没有流露出一丝喜忧的神色。当天原本阴云密布，笼罩四野，赦免张楚金等人之后，天气立刻转晴，天空放亮。
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