九月壬子日，朝廷再次任命僧人薛怀义为新平道行军大总管，率领二十万大军征讨突厥首领骨笃禄。
当初唐高宗在位时，周兴以河阳县令的身份被召见，高宗本想提拔任用他，有人上奏说他并非出身清贵的名门，此事便搁置了下来。周兴对此并不知情，多次到明堂等候任命。各位宰相都对他视而不见，当时担任地官尚书、检校纳言，同时兼任同平章事的魏玄同对他说：“周县令还是回去吧。”周兴误以为魏玄同从中作梗，阻碍自己的仕途，便对他怀恨在心。魏玄同向来与裴炎交情深厚，人们因为他们的情谊始终没有改变，称他们为“耐久的朋友”。周兴于是上奏诬告魏玄同，谎称他说过“太后年纪大了，不如辅佐继位的君主，这样才能长久安稳”。太后听后大怒，闰月甲午日，下令赐魏玄同在家自尽。监刑御史房济对魏玄同说：“您为何不主动告密，或许能借此获得召见，趁机为自己辩白！”魏玄同叹息道：“被人杀死和被鬼杀死，又有什么区别呢？我岂能去做告密这种事！”随后从容赴死。太后又派人在隐蔽的地方杀死夏官侍郎崔詧。除此之外，朝廷内外还有很多大臣被处死或流放。
彭州长史刘易从也被徐敬真牵连，戊申日，在彭州被处死。刘易从为人仁厚孝顺、忠诚谨慎，他在街市上将要受刑时，当地的官吏和百姓都怜悯他是无辜的，从四面八方赶来，纷纷脱下自己的衣服扔在地上，说：“愿用这些衣服为长史祈求阴间的福分。”官府清点这些衣服的价值，总共超过十万钱。
周兴等人诬告右武卫大将军燕公黑齿常之谋反，朝廷将他召回京城关进监狱。冬季，十月戊午日，黑齿常之在狱中上吊身亡。
己未日，朝廷处死宗室鄂州刺史嗣郑王李璥等六人。庚申日，嗣滕王李修琦等六人被免去死罪，流放到岭南。丁卯日，朝廷任命春官尚书范履冰、凤阁侍郎邢文伟同为同平章事。己卯日，太后下诏，规定太穆神皇后、文德圣皇后应当配享皇地只的祭祀，忠孝太后陪同配享。
右卫胄曹参军陈子昂呈上奏疏，认为：“周朝称颂周成王、周康王，汉朝称颂汉文帝、汉景帝，都是因为他们能够搁置刑罚、以德治国的缘故。如今陛下的治理虽然已经十分完善，但太平盛世的朝堂上下，百姓都乐于接受教化，不应该总有乱臣贼子每天触犯国法、遭受上天的诛杀。近来大案要案不断增多，被指控为叛逆的人越来越多。我愚昧迟钝，起初以为这些人都罪有应得，直到上月十五日，陛下特地查清囚犯李珍等人无罪并赦免了他们，文武百官都为之庆贺喜悦，纷纷称颂陛下圣明，我才知道原来也有无辜之人落入宽大的法网中。陛下一心致力于推行宽和的法令，而狱官却急于施行严酷的刑罚，这既损害了陛下的仁德，也玷污了太平盛世的清明政治，我私下里对此深感痛惜。另外，陛下颁布敕令赦免张楚金等人死罪的时候，起初风雨交加，随后便转为吉祥的祥云。我听说，阴气凝重代表刑罚严苛，阳气舒朗代表君主德政；圣明的君主效法上天行事，上天也会辅佐圣明的君主。天意既然如此，陛下怎能不顺应天意呢！如今又出现阴雨天气，我担心过错出在狱官身上。凡是被关押在监狱里的囚犯，大多被判处了死刑，民间百姓对此议论纷纷，意见不一。陛下为何不召见所有囚犯，亲自审问他们的罪名？确实有罪的，就公开依法惩处；被冤枉的，就严厉惩治相关狱官，让天下人都心悦诚服，人人都知晓朝廷的政令和刑罚，这难道不是陛下至高无上的德行彰显于世的体现吗！”
天授元年，公元690年，十一月庚辰朔日，冬至。太后在万象神宫举行祭祀大典，大赦天下。朝廷开始采用周历，将永昌元年十一月改为载初元年正月，把十二月定为腊月，夏历正月改为一月。朝廷将周朝、汉朝的后裔封为“二王后”，将舜、禹、成汤的后裔封为“三恪”，北周、隋朝的后裔则享受与列国诸侯同等的待遇。
凤阁侍郎河东人宗秦客，改造了“天”“地”等十二个字进献给太后。丁亥日，这些新字正式推行。太后为自己取名为“武曌”，同时将皇帝的“诏”书改为“制”书。宗秦客是太后堂姐的儿子。乙未日，司刑少卿周兴上奏，请求废除李唐皇室成员的宗族名籍。腊月辛未日，朝廷任命僧人薛怀义为右卫大将军，赐封爵位为鄂国公。
春季一月戊子日，武承嗣升任文昌左相，岑长倩升任文昌右相、同凤阁鸾台三品，凤阁侍郎武攸宁被任命为纳言，邢文伟暂代内史一职，左肃政大夫、同凤阁鸾台三品王本立被罢免，改任地官尚书。武攸宁是武士彟哥哥的孙子。
当时武承嗣、武三思专权用事，宰相们都对他们阿谀奉承。地官尚书、同凤阁鸾台三品韦方质身患重病，武承嗣、武三思前去探望，韦方质靠着床榻，没有对他们行拜见之礼。有人劝说他要懂得变通，韦方质回答：“生死自有天命，大丈夫怎能屈身侍奉皇亲国戚，来换取苟且偷生的机会呢！”不久后，韦方质就被周兴等人诬陷构罪。甲午日，他被流放到儋州，家产也被官府查抄没收。
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