高拱的脾气本来就不好，又正值与徐阶斗法的紧要关头，石星这毛头小子自己跳出来做炮灰，高拱可不就干脆成全他得了？于是高拱也就不再顾及石星什么“北榜后进”，更不考虑提携一把，直接了当地在皇帝的降罪圣旨上附署了。
于是石星挨了六十廷杖，当场罢官，贬斥为民。
想想看一位书生在正常情况下挨六十廷杖是什么概念——二十廷杖认真打就足以打死人了，石星挨了六十廷杖，居然只是昏迷过去。
其实这是当时高拱给时任司礼监掌印大太监孟冲打了招呼，让他安排一下，教训一下可以，不要出人命。孟冲是高拱推荐上位的，自然不敢违逆高拱的意思，这件事干得很漂亮。
再说石星本人，他在同乡好友穆文熙的护持下，经过一昼夜的照料总算苏醒过来。
此时石星本以为自己应该是徐阶眼中的可朔之才了，谁知道徐阶那边一点反应都没有，根本就当没这回事。
石星得知消息，当场凉了半截腰，差点气死。不过他那时的确很有脾气，虽然重伤在身，也不肯在京师逗留，与穆文熙两人同舟回归故里。高拱后来自己被徐阶整懵，回乡一年多才回京，回京后以阁臣兼天官，忙得不可开交，也就把石星给忘了，没想起来在徐阶倒台之后给石星平反什么的。
时间到了隆庆六年六月，隆庆驾崩，万历即位。吏部按照习惯提出起用隆庆年间因言获罪的官员，石星名列其中，高拱看了才想起他，不过没有阻拦，因此石星得以官复原职。
同年八月，石星抵京，此时高拱早已气消，反而还“补偿”了石星一下，让他由原官给事中晋升为尚宝司少卿。
万历二年八月，石星因为此时已经磨平了棱角，又知道了徐阶当年与高拱之争的内情并不是他所想象的那样，对高党的态度开始出现变化，于是由尚宝司少卿改任大理寺右寺丞，不久又升为大理寺左寺丞。
这当然是高拱的意志体现，因为尚宝司是个清水衙门，但级别还可以，高拱把石星放在尚宝司，一则是从品级上补偿一下，一则也是观察一下石星的态度。如果石星还冥顽不灵、死不悔改，高拱当然也有办法整治。
不过既然石星已经“知错”，高拱当然还是秉承提携后辈的原则，又用了他。
然而，之前的打压对于石星来说或许并不能完全释怀，他此后虽然从整体上偏向实学派，但个别时候也不完全站在实学派一边，尤其是在高拱去世之后。
比如说他在兵部的时候就曾经弹劾过时任辽东巡抚的高务实：当时高务实计杀叶赫二贝勒，石星弹劾他擅起边衅。石星认为叶赫的事情根本没到需要用这种方式杀人的地步，高务实这一杀有“不教而诛”之意。
这道弹劾没起什么鸟用，朱翊钧既没有同意，但也没有直接处理石星，只是把弹章留中了。
这事高务实是知情的，不过他知道朱翊钧当时的意思：石星整体来说干得还不错，只是他当初被打压了一番之后，虽然偶尔还会有些书生意气，但在大政看法上却似乎有些转向“鸽派”，出了名的不喜欢看见“不必要的战争”。
当时兵部全是主战派，朱翊钧认为留着一个主和派多少也能有点警醒作用，于是就没处理这茬，只是把事情和高务实私下说了说，免得高务实不明圣意。
后来高务实自己进了兵部，曾找机会和石星聊起这件事，石星表示他倒也不是一味主和，而是他生怕当时这一仗导致辽东大战，女真各部彻底反了。这里的前提人尽皆知——那年朝廷没钱了，再打大仗会出大问题。
总体来说，高务实觉得石星基本上算是略微倾向实学派的中立官员，但他内心深处对高家人可能仍有些介怀。不算大事，也不能算没事。
如今石星做了工部尚书，会不会对朝局有什么影响，实学派内部也还需要讨论。高务实也好，梁梦龙也罢，对此都不是很吃得准。
唯一的好消息大概就是如今皇帝的寿宫(万历定陵)正修到紧要关头，石星这位工部尚书肯定马上要加“总督陵工”，在寿宫修建完成并验收之前，他大概没什么工夫插手其他事。
沈鲤、石星的问题暂且打住，接下去还有两位“老七卿”也得关注一下。
之前说过，吏部尚书天官杨巍本身是个中立派，因为与张四维交情非常好，所以一贯表现得就像是个实学派官员一般。
然而这位天官大人的年纪是个问题——他还有两年就到了应该按例致仕的年纪，然而实学派内部目前似乎找不出一个非常适合的吏部尚书人选。
本来，是不会出现这种尴尬事的，因为实学派内部早前的计划是让沈鲤在户部尚书位置上好好干一任，等杨巍致仕之时便正好顶上这个缺。谁知道沈鲤虽然为人正直，但确实不大会理财，在这次开藩禁和西北之乱同时需要大笔银子的时候，他拿不出任何有建设性的意见，于是被皇帝给嫌弃了。
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