第十二款：
日本国之下关海峡、纪淡海峡，中华船只皆可通行。
日本国不得设置炮台，长府藩、小仓藩原有之炮台，应在签约交换当日予以拆除。
鉴于炮台拆除之海警，若有第三方船只强闯，中国之海军将有义务将其驱逐离开。
第十三款：
中国之舰船，不得擅自进入江户湾。
若擅入，日本国有权击沉。
第十四款：
中日双方应约束百姓渔民商贾，若在非开埠之处登陆，皆可驱离、擒获。
若为海寇袭扰者，皆可击沉。
中华尊重日本国之锁国制度，任何擅自离开日本前往中国的日本国民，将予以趋离送回。
日本国应约束本国国民，勿使有海寇侵扰中华海岸之乱。
第十五款：
古云：三皇不同俗、五帝不同教。
中华尊重日本国之公武制度，不因此而干涉。
第十六款：
中华商贾，不得私自与诸藩进行贸易。
第十七款：
中华之商贾，可购买武士佩刀之身份，以便贸易中因身份而起争执。
第十八款：
若遇风浪，中华船只可以在日本除江户之外的港口停留避风，但不可以在五处商埠之外售卖货物。
第十九款：
日本国为保明认真实行约内所订各款，听允中华军队暂占守长州藩之萩城。长府藩之下关当为中立区，双发均可驻军一千，以便换约。
又，待第一次赔款偿付，中华则允诺撤出萩城。
第二十款：
本约批准互换之后，中国将释放所有被俘的日本国俘虏——心慕中华、主动投靠的不在此列。
第二十一款：
中国将赔付因战火波及的京都百姓房舍，每户赔付库银八两，合计库银八万两。
此款项，于换约后一月之内交付。
第二十二款：
日本国应善待百姓，应答允中华皇子于鸟取藩所答应的百姓一揆之条件；日本国应督促长州藩履行减贡三成之信约。
第二十四款：
赔款以库银为准，若赔黄金，金价以之前三年大阪之金银均价为准。见附表二。
第二十五款：
日本国不得未经中华之允许，与中华帝国之藩属进行贸易。
第二十六款：
日本国不得擅自称华。
如西川如见之《华夷通商录》、新井白石之《琉球国事略》等有以日本自号为华者，皆应禁绝。
第二十七款：
本约批准草签日起，当约束士兵休战；待互换日起，双方停战。
第二十八款：
自本约奉中华大皇帝陛下及日本国国王、日本国幕府将军批准之后，定于大顺泰兴廿一年四月十七日、即日本国元文五年四月十七日、亦即庚申年四月十七日，于日本国长府藩下关町之接引寺换约。
本条约一式两份，检验无误。
两国全权大臣署名盖印，以昭信守。
中华皇帝陛下特简拔大顺钦差、对日谈判之全权大臣、敕封鹰娑伯刘钰。
中华礼政府郎中赵百泉。
日本国国王特命全权公卿、从一位、关白左大臣一条兼香。
日本国圣堂大学头、儒庙先贤世袭祭祀官林信充。
日本国幕府将军特命全权老中，从四位下、右京大夫、上野高崎藩藩主松平辉贞。
附表一：
中华海商禁止携带货物列表：
书籍——以《日本国禁书目录》为准。
注：日本国元文四年之新解禁令书籍排除于《禁书目录》之外。
合计有：
刘侗之《帝都景物略》。
李之藻、利玛窦之《同文指算》
汤若望、南怀仁之《灵台仪象志》
爱拉斯谟之《交友格言一百条》
徐光启、利玛窦之《几何原本》
李之藻之《圜容较义》
熊三拔、庞迪我之《克制七宗罪与儒、墨之义》
胡敬辰之《檀雪斋集》
克拉维屋思之《浑天盖天通宪图说》
除此特许解禁之书目，凡涉及实学、西学之书籍，均需送报中华之枢密院审核、枢密院返送日本国幕府处审核。
于理、于器之书，非得解禁不得私自携带。
附表二：
库平银与金价，按照之前三年日本国大阪易币商之一金换六银为准。
除金银外，其余俵物、器物、铜料等，皆可由中华海商定价换库银，折算。
附表三：
虾夷已朝贡中华，日本国幕府将军宜速去征夷大将军之号。
附表四：
下士佩刀身份助捐价格：三十石米。
附表五：
中华所应之长州藩百姓、土佐藩百姓、鸟取藩百姓之所请：
……等。
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