蔡元培始终关注着“中研院”，他不止一次的鼓励同仁：“人类历史本充满着打破困难的事实；于困难中觅得出路，正是科学家之任务。又况易地以后，新材料的获得，各方面人才之集中，当地原有机关之协助，亦有特殊便利之点。吾人决不因迁地之故而自馁！”
在此期间，他接受了叶企孙、陶孟和、傅斯年的建议，将“中研院”最终决定权授予评议会秘书翁文灏。在特定的条件下，这无疑是有利于“中研院”的存在和发展的重大举措。
新中国成立时，“中研院”的大部分机构很好地保留下来，成为科学事业的重要力量。对此，蔡元培功不可没。
蔡元培在香港养病期间，好友张静江曾邀请他同往美国，以便其获得更好的疗养。然而，蔡元培婉言谢绝，理由是：自己身负“中研院”职责、文化学术工作，这些均关系国家百年大计，未可一日停顿，实不能远离。
在香港的岁月，蔡元培的身体多在病中，不得不推辞众多的邀请。
蔡元培在香港唯一一次公开活动，是出席由宋庆龄领导的保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会，联合在圣约翰大礼堂举办的美展开幕式。
这天，蔡元培精神大振，在包括港督罗富国在内的众多来宾面前，即兴发表演讲：
“抗战时期需要人人具有宁静而强毅的精神，不论是前方冲锋陷阵的将士，还是后方供给军需、救护伤兵、拯救难民的人员，以及其他从事于不能停顿之学术或事业者，有了这种精神，便能免于疏忽错乱散漫等过失，从而在全民抗战中担当起一份任务……”
在抗战初期的困难时刻，蔡元培始终有一种自信的乐观与豪情，并不时鼓荡起铁马金戈般的壮烈情怀。这种情怀，在其诗作中有很强烈的表现：
“枫叶获花瑟瑟秋，江州司马感牢愁。
“而今痛苦何时已，白骨皑皑战血流。”
这是他当时写给陆丹林的诗。
“世号诗史杜工部，亘古男儿陆渭南。
“不作楚囚相对态，时闻谔谔展雄谈。”
这是他读完友人《八一三纪事诗》所题的一首七绝。
透过这些字里行间溢出的爱国激情，不难看出病居香港的蔡元培既有“江州司马”的愁怀，又思慕那“亘古男儿”的气概。
最能说明这时期蔡元培壮心不已的文字，莫过于他被国际反侵略运动大会中国分会推为第二届名誉主席后，为该会会歌所作的歌词。
这首着名的《满江红》词铿锵有力，铮铮有声：
“公理昭彰，战胜强权在今日。概不问，领土大小，军容赢诎。文化同肩维护任，武装合组抵抗术，把野心军阀尽排除，齐努力。我中华，泱泱国，爱和平，御强敌。两年来，博得同情洋溢。独立宁辞经百战，众擎无愧参全责。与友邦共奏凯歌曲，显成绩!”
蔡元培晚年在香港摈除外务，希求静心养病和写作。他给自己订下的写作计划有：写一本“以美育代宗教”的书，编一本美学书，编一本比较民族学的书。另外，蔡元培应胡适的多次建议，拟写一部自传。
蔡元培的一生可谓都在为国事奔走，几乎难有充裕的时间静心着述。但他对中西学术长期求索而形成的独立见解积蕴于心，不发不快。此时人入晚境，回首往昔，世事纷扰，他希望在有生之年力求补偿。
这一时期蔡元培在香港经常写作的是《自写年谱》。年谱用白话文写作，文字简洁清丽，对蔡元培的家世、少年时代、科举考试及读书、供职北京翰林院、回乡从事教育、在上海的活动、留德四年以及其后旅居法国的生活均作了翔实记述。他人生成长的轨迹在其中一目了然，还可从中探知蔡元培思想人格的形成。该年谱自1936年初即已动笔撰述，在香港只是续笔，但不久蔡元培即病卧床榻，不得不辍笔。这时年谱仅写有4万余字，是一部未尽之作。?
喜欢民国风云人物演义请大家收藏：(www.suyingwang.net)民国风云人物演义三月天更新速度全网最快。