特别是鼓吹“直接行动”和“牺牲精神”的陈独秀，1918年5月21日因为北大学生不听劝阻而上街游行，曾经与蔡元培一起向教育部递交过辞呈。五四运动爆发时，已经被免去文科学长职务的陈独秀，也没有像着名报人邵飘萍那样走到前台去直接煽动学生。
有记载：“1919年6月11日晚上，陈独秀到新世界散发《北京市民宣言》时，身边没有带一名青年学生，而是邀请安徽籍的成年人胡适、高一涵、程演生、邓初等人陪同前往。被捕之后他虽然表示认罪，却没有牵连到任何一个人。”
从倾向性看，蔡元培对学生运动的看法其实是比较负面的，尤其反对罢课，但五四运动于他或许是一个例外。5月4日的学生行动，可能是他在校长生涯中唯一一次“不去阻止他们”的经历。
在五四运动一周年后，各方都比较心平气和了，蔡元培在回顾五四时的一番公开讲话，仍能反映他对运动之“损失”的深深遗憾：
“人人都知道罢工、罢市损失很大，但是罢课的损失还要大”，他甚至说这场运动“实在是损失的分量突过功效”，故他告诫学生以后“无论何等问题，决不再用自杀的罢课政策”。在他看来，罢课不啻“自杀”，它杀掉的是“学问”，是“学术上的效能”，并会导致“虚荣心”，这样的损失是没法计算的，也是没法弥补的。
五四运动即使在那个时代，也应该是被肯定了的。特别是出席巴黎和平会议的代表，最终没有在合约上签字，当局为了回应民意，罢免了曹汝霖和章宗祥等后，可以说五四运动是大获全胜了。按着某些喜欢推过揽功的政客们的喜好，是要想尽办法和这运动扯上些关系，拉拉近乎的。
1924年12月4日，正在欧洲访学的蔡元培在写给傅斯年、罗家伦的回信中，坦诚地谈到了自己在五四运动中发挥的作用：“校中同人往往误以‘天之功’一部分归诸弟，而视弟之进退为有重要之关系。在弟个人观察实并不如此，就既往历史而言，六七年前，国内除教会大学而外，财力较为雄厚者惟北大一校，且校由国立而住在首都，自然优秀之教员、优秀之学生较他校为多，重以时势所迫，激刺较多，遂有向各方面发展之势力。然弟始终注重在‘研究学术’方面之提倡，于其它对外发展诸端，纯然由若干教员与若干学生随其个性所趋而自由申张，弟不过不加以阻力，非有所助力也。”
蔡元培这里的所说的“天之功”，应该是纵向的历史走向与横向的社会合力。蔡元培在这里所展现的，是自觉顺应时代潮流和社会合力，是既能兼容并包又能激流勇退的不居功的精神境界。这是很多的人最为缺乏也最为难能可贵的一种高尚境界。
蔡元培是最早发起纪念五四运动的北大人。
1920年“五四”一周年之际，他就在《晨报》开辟的“五四纪念增刊”发表《去年五月四日以来的回顾与今后的希望》一文，这是蔡元培第一次比较系统地评述五四运动。
该文名为纪念，实为反省。它首先肯定学生在五四运动中发挥的先锋作用，“自去年五四运动以后，一般青年学生，抱着一种空前的奋斗精神，牺牲他们的可宝贵的光阴，忍受多少的痛苦，作种种警觉国人的工夫。这些努力，已有成效可观。维尔赛对德和约，我国大多数有知识的国民，本来多认为我国不应当屈服，但是因为学生界先有明显的表示，所以各界才继续加入，一直促成拒绝签字的结果。政府应付外交问题，利用国民公意作后援，这是第一次”。蔡元培特别肯定学生的政治的、社会的觉悟，“因为学生有了这种运动，各界人士也都渐渐注意国家的重要问题”。学生们“知道政治问题的后面，还有较重要的社会问题，所以他们努力实行社会服务，如平民学校、平民讲演，都一天比一天发达。这些事业，实在是救济中国的一种要着”。
另一方面，蔡元培又以为学生罢课损失不小，“全国五十万中学以上的学生，罢了一日课，减少了将来学术上的效能，当有几何？要是从一日到十日，到一月，他的损失，还好计算么？……至于因群众运动的缘故，引起虚荣心、倚赖心，精神上的损失，也着实不小”。权衡成效与损失之间的比重，他以为“实在是损失的分量突过功效”。
最后，蔡元培寄希望学生：“专心增进学识，修养道德，锻炼身体。如有余暇，可以服务社会，担负指导平民的责任，预备将来解决中国的—现在不能解决的—大问题，这就是我对于今年五月四日以后学生界的希望了。”
蔡元培这些对学生运动的评论，可能有些出人意料，他并没有高调赞扬学生的“五四”游行活动，而是在一扬一抑之间，对学生爱国运动作了平实的估价，显示了他作为一个职业教育家的品性。?
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