“进德会”归根结底主要还是靠个人自律为前提。北大的腐败，不过是当时社会恶浊风气的一个缩影，想通过这样一个团体完全改变北大的风气，显然是不可能的。
但是，按照中国道德文化传统，评价一位学者文人往往从道德、学问、文章三方面切入，而在其中，道德更重要。学问大，文章好，而如果道德缺失，会被认定是文人无行，这是最严重的批评。一般认为做人比做学问、写文章更难，也更重要。
这也就是说，类似于北大这样的学者文人的集合之地，“进德”还是有某种内在要求的。
所谓做总比不做好，北大毕竟是北大。有了“进德会” 的影响，以及学校奖励优秀学生，对违规学生进行处分等配套措施，北大的校风还是有很大改变的。
“当时所有的新闻报道，对北大完全是刮目相看。1917年的报纸对北大的评价就完全变了。五四运动后更不用说”。
“中学为体，西学为用”这是上个世纪之交在中国学界广为人知的口号，乃至到了今天还余音犹在。这个口号的提出者，是最先接受了西方新学的中国知识分子。而他们不可避免受到西学思维的影响，才提出这样一个命题，力图为东西思想做一个合理的定位。
问题在于，他们口中所谓的“中学”本质上侧重于“道”，换言之，注重的是世界观方面、修身方面、做人的伦理。而他们所理解的“西学”，注重的是“术”，注重做事的方式、技艺，科技的革新。
一个是如何做人，一个是人的技能，可以说，这完全是两个层面的东西。修身的方面本就是“体”，而致用的方面本就是“用”。举例而言，一个科学家，他要掌握专业技能，但同时，他要有品德、理念、伦理观念。这二者毫无悖逆。
唯物史观早就正确的指出，一个社会，物质生产和物质生活水平提高以后，与之相适应的伦理道德也是要发生变化的，或者说也是要进步和前行的。这也就是说，社会物质生产和物质生活变化了，人们的交往方式也会发生变化，就要重新规范人的行为。
必须看到，随着商品经济的逐渐发展，封建制度越来越走向穷途末日，传统的伦理思想在很多方面也已过时。
加之鸦片战争后，泱泱中华大国，一直遭人欺辱，于是，很多人提出“中学”无用的观点。在学界，也像那些鼓吹“实业救国”“工科救国”论者一样，专注于理工，而轻人文学科。
蔡元培的可贵，一方面在于，他并没有因为西方船坚炮利、科技强大，就像当时鼓吹“实业救国”“工科救国”论者一样，专注于理工。
另一方面，他没有像一些固步自封、夜郎自大的士大夫一样，认为不能因为西方科技发达、东方物质文明落后，就认为中国传统的人文思想和哲学也落后。觉着凡是老祖宗的东西，就都是好的，在人文学科，没有学习西方的必要。
这其实是两个极端。
他对人文学科的重视，足以成为那个大时代的鸣奏曲中一个空谷回音般的音符，具有超越时空的意义。这具体就体现在他对大学学科的定位上。
本来，北大的学科文、理是、法、商、工五科并立，可以说是高大全而没有重点。蔡元培任校长后，坚决主张将北大办成只包括文、理两科的大学。他在北大的学制改革方面首先是调整学科设置。这对一个大学的发展来讲至关重要，将涉及大学的学术定位、思想文化特色的走向。
蔡元培提出了这种办学方式的弊端：一方面，“同时并立，义近骈赘。且两种学校之毕业生，服务社会，恒有互相龃龉之点”，也就是说，这相当于重复建设，资源重叠，又导致综合性大学和专科大学的同种专业毕业生形成无必要的竞争；另一方面，高、大、全的学科设置，对大学来讲也造成了不必要的负担，分散了大学的办学精力和资源。例如，北大五个学科虽然看起来齐备全面，“而每科所设，少者或止一门，多者亦不过三门。欲以有限之经费，博多科之体面，其流弊必至如此”。
1917年1月27日，蔡元培在国立高等学校校务讨论会上提议，一般的综合性大学只设立文、理两科，其他法、医、农、工、商五科则设立单独、独立的专科大学，如法科大学、医科大学等。蔡元培批评当时的高等教育过于模仿日本，既在一般的综合性大学中除设立除文、理，同时还设立法、医、工、商等科，同时又有这几个学科的专科学校存在。
蔡元培力排来自各方的阻力，在北大停办了商科，将北大的工科并入北洋大学，并计划将北大法科分出去，独立成立法学专科大学(这一计划后来没有实现)。同时，大力充实北大的文、理两科。在文科中，除原有的中国哲学专业、中文专业、英国文学专业外，又先后增设中国史专业、法国文学专业、德国文学专业、俄国文学专业；在理科，除原有的数学、物理、化学三门外，又于1917年增设地质学专业。
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