蔡元培首先参加了会试的初试三场考试，会试房官王颂蔚阅读完蔡的首场试卷，觉得简直不像是八股文，特别的震惊。
“及二三场卷，则渊博无比，乃并三场荐之，且为延誉”，蔡元培遂考取了第八十一名贡士。
清代科考还规定，会考中贡士的，须经过复试列出等次，再参加殿试考中即为进士。不同的是，先前所有考卷，为防作弊，试卷都是经人抄写后，再交给考官去看。而复试和殿试的考卷是不用别人誊写，直接呈上的。这样，书法就显得格外重要。
复试和殿试是在会考后进行，而蔡元培是两年以后才完成的。
关于其中原因，说法不一。主流说法来源于南京国民党政府时期，曾任中央图书馆馆长的蒋复璁。
据他说，蔡元培会考结束后，就去看望乡试中举时的考官李文田。
李文田特别关心蔡元培这个学生，一见面顾不上客气，就赶忙问答卷情况。蔡元培早有准备，把自己考卷的草稿呈上。
李文田接过仔细看过后捶胸顿足，一个劲的说自己该死。蔡元培惊问怎么回事？
李说：“我早就想到了，本来要在你考前提醒你，一定要中规中矩。天算不如人算，就在你来京前，我有紧急公干外出，刚刚回来。我应该委托别人和你讲的，既然想到了……”
说完，李不住的叹息，很是自责。
蔡元培想不到李大人对自己如此眷顾，十分感动，反而一个劲的安慰对方。
所谓皇帝不急太监急，李文田特别痛心，说会试通过虽然也很难，但和乡试相比，参加的人数总是少很多；正常情况下，根据蔡元培的才学，过关是没有问题的，只要不节外生枝。
“这一耽误就是几年。”说着，李文田又长长地叹了口气。
离开的时候，蔡元培还有些不死心，问李大人，真的一点希望都没有吗？
李肯定地说：“这些主考大员，人品都没得说，可一个比一个顽固。像你这样的文章，能把你的卷子阅完，已经是难为他们了，想入他们这些墨守成规人的法眼，想都不要想。”
蔡元培听了后，不能不心服口服。想自己能够中举，纯属运气好，碰上欣赏自己文风的李大人。这样的好事，能遇上一次，已经是千载难逢了，哪能再次降临到自已头上。
离开了李府后，回去收拾了东西，很快就离京返家了。得到高中的消息时，复试和殿试都已经结束了。
另一种说法是，因为复试和殿试特别看重字写得怎么样，蔡自知自己的书法很一般而知难而退。
蔡元培晚年所写的《自写年谱》有这样的记述：“因殿试朝考的名次均已字为标准，我自量写得不好，留待下科殿试。”
行不行总得尝试一下，蔡元培的字其实写得并不差。再说书法水平到一定的层次再有大的提高，恐怕需要天赋，再练几年就能有很大进步吗？蔡元培这样说，恐怕多半是不让自己的恩师为此而难过和自责。
什么叫人品好？什么叫素质高，什么叫处处为别人着想？从蔡元培的为人看，前一种说法好像更有说服力。
不过，近年来，人们在李慈铭的日记中，看到如下的记载：“四月十三日，蔡进士（指蔡元培）；沈进士（指沈宝琛）来。两生皆年少未习楷书，故不待复试而归。”
好像证实了蔡元培晚年的说法。
但这里也有个难解的矛盾：会试考中是获贡士称号，殿试考中后才为进士，但李氏日记里称二人均为“进士”，对一个普通人也许没什么，但对于当朝的御史大人，应该不太可能。此日记倒更象似是出在蔡元培两年后中了进士之后。而说起为什么两年后才来复试，便有了“年少未习楷书”的说法，也未可知。
算了，我们还是不要在蔡元培的这件事上纠结了，反正蔡元培两年以后完成复试和殿试总是事实。
蔡元培从京返回故里，会试高中贡士的消息已经不是新闻了。此期间他曾以贡士的身份，应邀担任上虞县志馆总纂一职。
蔡元培曾认真研读过各朝各代写得好的地方志，年轻气盛的他既是个做事认真，又勇于创新之人。
上任后他仔细研读了先前写的县志，看到把很大的笔墨用在为当任的县官歌功颂德上，是报喜而不报忧，没法让后来的人们了解这里当时的实际情况，简直和县志的本来面貌风马牛不相及。
写史最基本的要求是客观真实。所谓你尽可以骂秦始皇为暴君，也可以褒扬他为千古一帝，只要把真实的历史留下，就不妨碍后人站在更高的历史高度认识和评价他。
于是，蔡元培下功夫写出了《重修上虞县志例言》。很不客气的指出先前县志的弊端，对如何写好以后的县志，提出了一系列的意见和建议。特别对人物志部分，提出要“尽革陋规，不辞矫枉过正之消”。
不料，他的意见遭到了大家的强烈反对。但他不愿妥协，又写出《罪言》一篇，把自己提出的编志体制与明代万历年间和清代嘉庆年间时所修旧县志列表比较，说明因革。但反对之声的强烈仍一如既往，蔡元培没得选择，只能辞职回家。
但蔡元培的努力没有白费。明白和正直的人总是有的，县志馆长朱士黻，仔细研究了蔡元培的《重修上虞县志例言》和《罪言》，认为他所拟体例“义例精当，卓然成家”，将其《例言》刊于新修县志卷末，用为后人审识。
此后，蔡元培仍在徐树兰的铸学斋读书，在研读经史的过程中，将读书札记汇为《知服堂日记》一册。日记以节气为标识，自1890年（庚寅）霜降至次年（辛卯）小暑，历时半年之久。这应当是蔡氏最早的日记。?
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