冯、段的不满，后来有人传给袁克定，埋怨他不该摆架子激怒了北洋的两大将。
怎知袁克定却淡淡地说：“这正是我要的，这两个人都是老头子养大的，现在他们都有点尾大不掉。我若不折折他们的骄气，将来他们更不得了，难免不爬到我的头上呢！”
北洋军人那一年都向袁世凯行跪拜礼，袁世凯在接受他们大礼时，总是喊着自己儿子的名字说：“你们快来还礼呀！”
袁克定从不答应，俨然以未来储君自任。
这是小过节，虽使北洋系的将领对袁世凯寒心，还不是致命伤。最致命的，是他们逐渐感觉到袁世凯不肯和他们说真话，并千方百计地解除他们的兵柄。
他们觉得：“鸟还未尽而弓已藏，狡兔未死而走狗将烹！既然老头子已不把我们当作人了，我们又何必对他忠心呢！”
在“北洋三杰”中，王士珍比较最随和，没有个性，因此袁世凯对其最为放心。
民国成立后，王士珍就回到正定原籍，不问民国政治。由于袁世凯越发容不得段祺瑞，便打起了借重王士珍排挤段祺瑞的主意。
民国三年春天，袁世凯派长子袁克定乘专车到正定去迎王士珍进京。
王士珍表示无意于再参加政治活动，袁克定说：“参不参加政治是一件事，父亲邀请你去京谈谈又是一件事，如果你一天不启程，我也只好留在正定促驾，无颜面回北京了。”
王士珍被大公子这么一逼，终于情不可却地随同袁克定来到了北京。
袁世凯立刻颁授王士珍为陆军上将，并且派为陆海军大元帅统率办事处坐办。
统率办事处是民国三年五月九日成立的，由陆军总长、海军总长、参谋总长及大元帅特派的高级将领组成。陆、海、参三部总长是当然办事员，第一批所派的办事员，只有荫昌、王士珍、萨镇冰三人，其后加了蔡锷等。
这是袁世凯把全国兵权从陆军部抓回自己手里的一项具体措施。
自从统率办事处成立以来，总统府的军事处也就取消了，段祺瑞退为办事员之一。而陆军部的重要职权都移转到办事处，陆军部就成为一个名存实亡的机关了。
袁世凯在宣统初奉“旨”养疴时，曾把价值三十万元的府学胡同私宅慷慨地赠给段祺瑞。段祺瑞从那时起便住在这所房子内，在该宅辟一个侧门以与陆军部军需司的走廊相通，经常由这门出入。
自统率办事处成立后，段祺瑞就不大到部议公，一切部务都交由他所宠爱的门生——陆军次长徐树铮代拆代行。徐树铮是段祺瑞最亲信的人，却是袁世凯最讨厌的人。
一次袁世凯表示要把徐树铮调职，段祺瑞觉得这简直是成心在找他的麻烦，因此沉不住气大声地说：“很好，请总统先免我的职，总统要怎么办，便怎么办！”
民国四年五月，正当日本提出廿一条的时候，陆军部上了一道请求增加职员薪金的呈文，袁亲笔批下：“稍有人心，当不出此！”八个大字。
由于段祺瑞不到部办公，自然对陆军部公事也不看，有次袁世凯问他某件公事，段祺瑞说不知道。
袁世凯马上正颜厉色地质问段祺瑞： “怎么，刚刚我看到陆军部送来的公文，你是总长却不知道？”
廿一条签署后，袁克定公开向人表示：所以要向日屈服，只是因为中国不能抗日；为何不能抗日？因为陆军不能作战，陆军部务无人负责，因此政.府不能孤注一掷，冒险去抗日。
段祺瑞是个何等聪明之人，当然更知道进退，于是向袁世凯呈请辞职，并且不俟批准便赴西山养疴。
袁世凯当时有意拉扰蔡锷，准备让入京不久的蔡锷接任陆军总长；后来觉得这样重要的位置不能旁落，最后还是决定留给自己的北洋嫡系。于是，陆军总长一职便落在王士珍身上。
段祺瑞的请辞，当然是被迫的，但是他有病也是真的，所以他请辞后即赴西山养疴。而袁世凯则一再假意挽留，只准段祺瑞请假，一再给予延期，同时派王士珍代理。
北洋“三杰”中，王士珍与段祺瑞感情尤深，因为不肯卖友，他一再坚持不肯正式就任陆军总长。
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