愤怒的国民党在国会占有多数，在正式总统选举中把袁从总统宝座上拉下来是极有可能的。
而且国民党当时确实有这样的计划，即所谓“法律倒袁”。
所以袁世凯在宋案后非常恐慌，对人说：“这是怎么好！国民党失去了宋遯初，少了一个大主脑，以后越难说话！”
考虑到激怒国会的严重后果，袁世凯完全没有必要为相对次要的内阁问题冒险刺宋。 根据现有证据，袁世凯对刺宋是否知情只能存疑。但是根据对民初政局的分析，刺宋并不符合袁世凯的利益，很难设想袁世凯会有这样卤莽的举动。
仅凭函电就认定赵秉钧是谋杀主犯吗？他承认主使应桂馨与洪述祖图谋陷害宋教仁名声一事，但“绝无谋杀之意”。
赵秉钧发给应桂馨的密码本包含了公务成分，如果凭着这一条，不经侦查审讯，仅仅根据应、洪往来函电便将赵秉钧“指为主谋暗杀之要犯”，确实是“实非法理之凭”。
事后不久，赵秉钧给上海地方检察厅一封公开信为自己辩护说：“程都督、应民政长宣布宋案证据，其涉及秉钧者，惟手书两件，然一为发给密码，一为请领津贴，均属因公”。
而且按照赵宋二人的交情与利害来说，赵秉钧杀宋说也显得可疑。
赵秉钧曾在北京《新纪元报》上发表谈话，说他在唐绍仪内阁期间和宋既是同僚，又是至友。宋住在西直门外的农事实验场，离城十里，有时天晚无法出城，宋总是住在他家，彼此无话不谈。宋离京南下时，欠了五千多元的债，都是他替宋还的。
法庭呈现的“密电”中并不能得出赵参与并赞成杀宋密谋的结论。因为所有密电、信件中最恶毒的字眼是“毁宋”，而“毁宋”不一定就是杀宋，有证据证明之前应桂馨已经搜集了一些试图诋毁宋教仁名誉的黑材料。
主犯应桂馨此人应是个两面间谍角色。赵秉钧曾自辩说：我只和他有“书信往来”，他却帮黄兴将私存公债六十万转抵义丰银行私存，赵质问：“书信往来与银钱往来孰轻孰重。”
证据显示，赵秉钧确实涉嫌，但仅以“宋要来做总.理，我往哪搁”这种理由去推论，几乎无说服力。
民国初年，各种制度极其混乱，各种官职也是走马灯似地轮换，仅半年多就换了三个总.理。
赵秉钧出任总.理，孙中山和黄兴是赞同的。当时有个人选是国民党的沈秉堃，黄与国民党员们商议，多数人不服沈，而那时，赵秉钧已加入国民党。
在国事未定、国会未开、宪法未定的情形下，总.理之职是很虚的。今天你做，明天可能他做，为此杀人，怎么能杀得过来。
宋教仁遇刺后，因为舆论反应很大，赵秉钧马上就辞去了总.理职务。可见其对这个总.理职务，并非如有些人想象那样地贪恋。
赵秉钧的结局：辞去了总.理职务后被袁世凯任命直隶都督，一九一四年二月二十六日。在天津督署死于中风，即今所谓脑溢血，“厥逆扑地”而亡。
上海《申报》当时曾报道：“总统府得电，都督赵秉钧今早八时痰厥，十二时死。”
从以上可以看出，赵秉钧确实没有必要杀宋。
最后看一下陈其美，当时上海是陈其美势力的大本营，宋案从刺杀到审判都发生此处。和以往刺杀案悬而未破相反的是，刺宋案的破获却是出乎意料的顺利，几乎要用难以置信来形容。加之凶手武士英在监狱之死看似蹊跷，似乎也与陈其美有关。
当时看守武士英的沪军六十一团，是国民党人黄郛的部队。而陈其美、黄郛和蒋介石是拜把子兄弟。这一切不禁使人开始怀疑上了陈其美。
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