十二日，明军各处溃兵聚集在蓟州城。
辽军派出哨骑在郊野巡逻，以五十名骑为一队，发现石门驿站已经归顺后金军。
巡逻至马伸桥时，遇到后金军一队兵马，双方爆发战斗。
袁崇焕得知战况，立刻奖励战斗的勇士队伍，犒赏白银二百两。
这队勇士为祖大寿之子祖泽润的家丁。
马伸桥在城外二十里，袁崇焕得知后金军大队即将到达，与诸将领在城东楼上严密防守。
崇祯皇帝急于看到胜利，下圣旨催促袁崇焕。
称其本职负责辽东，关内的防守失败是他人的责任，但既然已统领兵力前来，务必取得完全胜利。
十三日清晨，后金军过石门驿站。
袁崇焕下令马步兵全部出城，建立军营。
突然出现约两百名后金军骑兵，停留在军营外边。
袁崇焕观测四周，发现后金军大队都隐藏不见踪迹，于是下令炮击，后金军骑兵快速退走。
袁崇焕下令辽军一整天都坚守营地。
后金军扎营于东南一带，位于茂密的林木和崎岖的山谷中，于是在夜晚行动，以黑暗天色作掩护，在蓟州城外五里行军并扎营。
十四日，辽军派出哨骑，得知后金军已经转移，正在城外五里的西南一带，于是袁崇焕也率辽军至蓟州城西南一带扎营。
然而，皇太极知道袁崇焕在蓟州阻截他，并未与其交锋，而是潜越蓟州。
当天，袁崇焕的夜不收侦察到后金军大队潜越蓟西，这意味着袁崇焕在蓟州拦截皇太极军队的计划落空了。
袁崇焕在蓟州拦截失败后，并没有选择直接往西尾随追击后金军，而是往位于蓟州西南的河西务。
十一月十六日，袁崇焕的军队到达河西务。
河西务在天津和北京之间，大约离北京一百二十里，位于三河西南、通州东南。
当时后金军抵达通州城外运河，一方面在运河设下营寨，一方面则以威势震撼京师，吸引袁崇焕进行决战。
袁崇焕为了避开沿途后金军的埋伏截击，于是绕路至通州城以南的渡口 。
十六日，袁崇焕于河西务渡口扎营。
袁崇焕与辽军将领举行会议，有将领认为运河渡口物资丰富，可以供应大军，先在通州集结队伍，再相机行事。
而袁崇焕则表态，如果八旗军继续绕路，最终逼近都城，那都城将面临从未遇到过的民心动荡，而这种动荡又难预料。
只有辽军先到达城下，背靠都城，稳定各方，才能控制局面。
最终各将领决定前往京师。
十七日夜晚，袁崇焕率军抵达北京城左安门下，于城外韦公寺庙扎营。
当时袁崇焕队伍属于急行军，第一批队伍只有九千骑兵抵达城下，步兵队伍则要分批次前进，随地扎营休整，再抵达都城会合袁崇焕。
由于急行军，士兵和战马都很疲惫，袁崇焕请求入城休息，但崇祯皇帝拒绝辽军入城。
十九日，辽军哨骑发现，后金军已经抵达城外郊野的高密店。
十一月十五日，皇太极下令派遣三千士兵作先锋部队前往通州，观察渡口的情况，同时还负责捕捉明朝军队的夜不收。
皇太极则率大军自三河县出发。
当天先锋捕获了一名辽军哨骑，并将其带到了皇太极面前。
皇太极询问这名哨骑有关明朝军队的消息，该哨骑吐露：大同、宣府两个边镇总兵的军队都驻扎在顺义县城。
皇太极派遣了台吉阿巴泰和台吉岳托，率领二旗满洲军和蒙古仆从军前往攻击该地区。
明朝方面的满桂大同镇军队、侯世禄宣府军队在顺义战败，撤退到北京。
侯世禄在顺义大战中受重伤，左臂受伤严重，但他勉力支撑着在十八日回到了北京。
后金军队胜利追击，由于明军撤退得很远很快，所以后金军斩杀的敌人不算太多。
战后结算，后金军获得了一千多匹马和一百多只骆驼作为战利品。
此外，顺义县城的知县率领当地群众投降后金。
侯世禄的宣府镇军队在撤退途中崩溃，溃兵一直劫掠到北京城郊，给民众带来了极大的恐慌和混乱。
回顾己巳之变，后金能顺利突破长城占领蓟州北部，主要有两个原因：
其一，崇祯二年（1629年）三月，崇祯帝下令停止对蓟北朵颜等蒙古部落的抚赏（年赏）；
这一决策切断了蒙古部落与明朝的经济纽带，使得蓟北蒙古各部全部倒向后金；
明军和蒙古联盟瓦解，明军不得不面对后金和蒙古的联盟，朵颜三十六部作为明军北方的天然屏障全线大开，明军北方防线彻底失效。
其二，崇祯帝裁撤蓟密永防区的新军；
大灾之年裁军导致当地守军兵变，士气低落，后金军得以攻克大安口、洪口山城等地，蓟州守军或投降或溃散。
而这两项提议均由蓟辽督师袁崇焕主导。
袁崇焕在平台召对中提出裁汰冗兵、节省军费的建议，包括削减对朵颜等蒙古部落的抚赏开支。
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