当帝国的目光投向遥远的欧陆战火，谋划着未来的寰宇格局时，一场旨在肃清卧榻之侧的行动，正以雷霆万钧之势，在帝国漫长的海岸线及邻近海域迅猛展开。目标，是那些如同附骨之蛆，困扰东南沿海数百年，甚至被部分沿海卫所、豪强暗中豢养，亦商亦盗的疥癣之疾——海盗。
崇祯皇帝朱由检的旨意清晰而冷酷：“四海波涛，无论近远，凡日月所照，龙旗所指，皆需澄清！内海不靖，何谈远洋？给施琅、给各路水师总兵传旨，三个月内，朕要东南海疆，再无成规模之盗匪可觊觎王土！商船往来，不需再看天时，亦不需再看‘某某’的脸色！”
这道旨意，伴随着枢密院签发的作战命令和兵部调拨的额外赏银，如同在滚沸的油锅里泼进了一瓢冷水。帝国这台日益精密的战争机器，开始将一部分锋利的齿轮，转向了内部清理。
曾经，这些海盗如同海上的野草，剿之不尽，烧之复生。他们熟悉每一处暗礁，每一条水道，与岸上势力盘根错节，消息灵通。官军大举进剿，则化整为零，遁入茫茫大海或隐秘港湾；官军稍有松懈，则聚啸而出，劫掠商旅，甚至敢于攻击防御薄弱的卫所。其中，既有传承数代的积年老寇，也有在明清之际、帝国权力交替缝隙中壮大的新锐，更有部分是被逼下海的贫苦渔民，情势复杂。
但这一次，他们面对的不再是那些船破械旧、缺乏战意、甚至与海盗暗通款曲的旧式水师。
福建马尾军港，新任署理海军都督施琅，站在旗舰“镇海”号的舰桥上，放下了手中的单筒望远镜。他的面前，是由三艘“镇远”级主力舰、五艘“破浪”级巡航舰以及十余艘改进型大型巡逻舰组成的特混编队，黑色的烟柱从它们的烟囱中喷涌而出，与洁白的帆影交织，散发出工业时代特有的力量感。
“诸位，”施琅的声音通过初步装备的、尚不稳定的实验性舰载扩音器（基于电磁原理的雏形）传出，显得有些失真，却带着不容置疑的威严，“此战，非为攻城略地，乃为犁庭扫穴！目标，盘踞在台山列岛、南澳岛以及澎湖附近几处隐秘锚地的大小十七股海盗。枢密院情报处与皇城司已摸清其大致巢穴与活动规律。我军优势在于舰快炮利，通讯便捷。战术在于，分进合击，快打快撤，以绝对火力摧毁其抵抗意志与船只，辅以海兵队登陆清剿，务求全歼，不留后患！”
他顿了顿，目光扫过旗下各位舰长和陆战队指挥官：“记住，陛下在看着，万民在看着，未来要通行于四海的我大明商船，也在看着！此战，不仅要胜，更要胜得干脆，胜得漂亮，打出我新式海军的威风！”
“遵令！”各级军官轰然应诺，眼中燃烧着战意与对新装备、新战法的信心。
战斗几乎毫无悬念。
在台山列岛附近，一股以凶悍着称的老牌海盗，仗着船小灵活，试图利用复杂水道与明军周旋。然而，他们很快就绝望地发现，明军那些冒着黑烟的“怪船”，速度远超他们的快船，根本甩脱不掉。更可怕的是，明军战舰在数里之外就开始发炮，炮弹落点又准又狠，他们的木质帆船挨上一发实心弹便是木屑横飞，若是碰巧被新式的“开花弹”命中，更是直接解体。海盗们试图跳帮近战，却连对方的边都摸不到，只能在绝望中被一一击沉。试图靠岸逃入岛上山林的，也被早已待命、乘坐专用登陆小艇的海兵队追上，燧发枪的齐射声在山林间回荡，负隅顽抗者格杀勿论，投降者则被捆缚押解。
在南澳岛，一股与地方势力牵扯较深的海盗，还幻想着像过去一样，得到岸上的预警和庇护。但他们派出的联络小船，刚出海就被明军的快速巡逻舰截获。紧接着，明军舰队直扑其主力锚地，猛烈的炮火将港湾内的海盗船连同简陋的码头设施一同化为火海。岸上的据点，也在海军舰炮的延伸射击和海兵队的突击下，迅速土崩瓦解。曾经为他们提供消息和销赃的岸上“关系”，此刻自身难保，在锦衣卫和按察司的联合查处下纷纷落网。
澎湖海域，这里曾是郑芝龙集团早期活动的重要区域，残留的势力盘根错节，部分甚至与郑家还有些香火情。面对前来清剿的施琅舰队，一些海盗头目还试图打着郑家的旗号，希望能网开一面。
率队前来的一位郑家旧部，如今已是大明海军军官，站在船头，对着海盗船喊话：“靖海侯（郑芝龙）已荣休，蒙陛下隆恩！尔等昔日或与郑家有旧，然如今已是大明子民，当遵王化，守律法！继续为盗，对抗王师，唯有死路一条！放下兵器，投降者，可依律审断，或有一线生机；负隅顽抗者，舰炮之下，绝无完卵！”
最终，在绝对的武力威慑和“念及旧情”的劝降下，大部分海盗选择了投降。少数冥顽不灵者，其座船很快就被“镇远”舰的主炮轰成了碎片。
类似的场景，在浙江、广东、乃至刚刚收复的台湾（东宁省）周边海域不断上演。新式海军展现出了前所未有的效率和控制力。蒸汽动力保证了航速和行动的突然性，不受风向制约；先进的火炮提供了远超海盗射程和威力的火力；初步建立的无线电通讯网络（尽管不稳定），使得各分舰队之间能够进行粗略的协同，避免了海盗利用信息差流窜作案；专业化的海兵队则确保了登陆清剿的彻底性。
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