有了满桂的全力支持，曹变蛟立刻与随军的宣导司主事商议，结合京营经验与边军实际，拟定了《大同镇军务整顿暂行条则》，快马报送京城请旨。朱由检阅后龙颜大悦，当即朱批 “准行”，并下旨拨付专项饷银，支持大同边军革新。旨意抵达当日，整顿工作便雷厉风行地推行开来。
整顿的首要任务，便是剔除旧边军的 “虚胖” 弊病。在满桂的坐镇与京营士兵的监督下，大同镇所有在册官兵被集中到校场，逐一进行点验。
点验标准清晰明确：年五十以上、体弱多病、有明显残疾无法胜任作战任务者，一律发放三个月足额军饷及返乡路费，由官府妥善遣散安置；虚报员额、挂名吃空饷者，一经查实，不仅要追缴冒领的军饷，相关军官还要按律治罪；而那些年轻力壮、作战勇猛、忠于朝廷者，则全部留营，编入新的作战单位。
起初，不少老兵油子和被裁汰的军官颇有微词，甚至暗中煽动闹事。满桂亲自坐镇校场，当着全体士兵的面，将一名公然煽动叛乱的队正当场拿下，按军法重责四十军棍，并宣布 “谁敢阻挠整顿，便是与朝廷为敌，与边关百姓为敌，格杀勿论！” 满桂的威严与决心震慑了所有人，遣散工作得以顺利推进。
仅此一项，便裁汰了近三成虚浮名额，所节省的军饷被立刻投入到留营士卒的待遇改善中 —— 士兵月饷从原来的一两提升至一两五钱，每日膳食增加肉食，军靴、铠甲等装备也承诺按月发放，士卒们的积极性瞬间被调动起来。
纪律是军队的灵魂。曹变蛟借鉴京营《步兵操典》（朱由检指导编纂的简化版）与《简明军律》，结合边军作战特点，颁布了新的营规条例，小到日常作息、内务整洁、队列行进，大到作战号令、武器保养、战场纪律，皆有明文规定，奖惩分明。
为了让新规落地，曹变蛟亲自示范，京营骨干充当教官，分营对士兵进行训练。清晨卯时，号角声准时响起，士兵们必须在半个时辰内整理好内务、列队集合；操练时，队列不整齐、动作不标准者，一律罚站军姿、额外加练；武器保养不到位者，罚抄写军律；战时畏缩不前、临阵脱逃者，立斩不赦。
初时，不少老兵油子叫苦不迭，习惯性地偷奸耍滑。曹变蛟毫不留情，将一名屡次违反军纪、辱骂教官的老兵当众斩首示众，以儆效尤。同时，宣导司的官员们反复宣讲：“纪律不是束缚，是军队的性命！只有纪律严明，作战时才能协同一致，才能少死人、打胜仗，才能保住自己的性命！”
渐渐地，在严厉而公正的奖惩与反复的思想教化下，旧边军散漫的风气逐渐扭转。士兵们养成了按时作息、遵守队列的习惯，营区内再也不见喧哗赌博之风，取而代之的是整齐的步伐声与响亮的口号声。
旧边军的训练多侧重个人勇武与小队搏杀，缺乏协同作战意识，面对后金的严密阵型时常吃亏。曹变蛟决心改变这一现状，将京营的协同训练方法引入边军。
训练重点转向队列、阵型与号令协同。步兵训练方阵推进、交替掩护；骑兵训练集团冲锋、迂回包抄；尤其是火器部队，严格训练装填、瞄准、齐射、轮替的标准流程，确保在战场上能形成持续的火力压制。曹变蛟还引入了简易的对抗演练和沙盘推演，让军官们在模拟战场中学习战术配合，不再是只会猛冲猛打的匹夫。
满桂最初对这些 “花架子” 不以为然，认为边军作战全靠真刀真枪的拼杀，阵型演练毫无用处。直到一次对抗演练中，他亲眼见到经过严格阵型训练的京营小队，凭借紧密的配合与有序的火力输出，轻易击溃了人数占优、却习惯各自为战的边军老兵小队，才彻底改变了看法。此后，他不仅全力支持新训练方法，还亲自上阵，将自己数十年的实战经验融入训练中，指导士兵如何在复杂地形中运用阵型、如何应对后金的骑兵冲击。
在满桂的建议下，训练还结合了边军的优势 —— 骑射与对塞外地形的熟悉。士兵们在操练阵型的同时，每日加练骑射；军官们则带领士兵勘察边关地形，绘制详细地图，将战术训练与实际防务结合起来，让训练更具针对性。
这是宣导司的主场，也是整顿工作的灵魂所在。宣导官们深入各营各队，利用操练间隙、饭后休息时间，以最通俗的语言，反复向士兵们宣讲：
“当兵吃粮，不只是为了混口饭吃，更是为了保家卫国！鞑子一来，烧杀抢掠，我们的田地会被践踏，亲人会被掳掠，只有把边关守好，我们的家才能安稳！”
“陛下知道边军辛苦，提高了军饷，保障了军属的生活，严惩了王朴这样喝兵血的贪墨将官，就是希望咱们当兵的能活得有尊严，没有后顾之忧！”
“忠君不是空话，陛下是大明的天子，是为百姓谋福祉的君主，忠于陛下，就是忠于给我们好日子过的朝廷，忠于咱们身后的大明江山！”
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