公元106年正月辛卯这天，朝廷进行了部分人事调整，把太尉张禹提拔成太傅，司徒徐防升任为太尉，并让他们参与处理尚书事务。因为皇帝年纪小，太后希望有得力的大臣能随时在宫里帮忙，于是就下命令让张禹住在宫里，每五天可以回一次家。上朝的时候，还给张禹特殊的待遇，让他不和三公坐在一起。同时，皇帝的哥哥刘胜被封为平原王。癸卯日这天，光禄勋梁鲔当上了司徒。
到了三月甲申日这天，孝和皇帝就被安葬在了慎陵，还给他定了庙号叫穆宗。丙戌这天，清河王刘庆、济北王刘寿、河间王刘开、常山王刘章准备出发去自己的封国，在这些藩王中，太后对刘庆给予了特殊关照。刘庆有个儿子叫刘祜，今年才13岁，太后担心皇帝年纪小以后会出问题，就把刘祜和他的嫡母耿姬留在了清河王府，以防不测之事的发生。耿姬是耿况的曾孙女，刘祜的亲妈是犍为左姬 。
夏天四月，鲜卑人又来侵犯渔阳地区。渔阳太守张显就带着几百人出城追击。这时，手下的兵马掾严授劝他说：“前面的路不好走，也不清楚敌人到底是啥情况，应该先安营扎寨，再派轻骑兵去打探一下，到时我们再做决定也不晚呀。”但张显急着去打仗，怎么可能听他的呢？于是就带着部队直接前进了。结果中了敌人的埋伏，士兵们都被吓得四处逃窜，只有严授拼死抵抗，身上受了十处伤，杀了好几个人后战死。主簿卫福、功曹徐咸也赶来救援张显，最后都战死了。
丙寅日这天，朝廷又任命虎贲中郎将邓骘为车骑将军，给他和三司一样的仪仗待遇。邓骘的弟弟邓悝当上了虎贲中郎将，邓弘、邓阊都成了侍中。这时候，司空陈宠去世了。
五月辛卯这天，朝廷宣布大赦天下。壬辰日这天，河东垣山发生了山崩。六月丁未日，太常尹勤被任命为司空。这一年，全国有37个郡国遭遇了水灾。
己未日这天，太后就下诏书，要求太官、导官、尚方、内署这些部门减少奢侈浪费。除了祭祀陵庙之外，平时不能专门选好米食用，吃饭时，每顿只能有一个荤菜、一碗饭。以前太官、汤官每年花费将近两万万钱，现在削减到几千万。各郡国进贡的东西也减半，上林苑养的鹰犬都卖掉，离宫、别馆存的粮食、柴火也大量减少。丁卯日这天，太后又下令放出掖庭里的宫女，还有那些被充公为奴的皇室成员，让他们恢复平民身份。
到了秋天七月庚寅日这天，太后给司隶校尉和各地刺史发命令说：“最近好多地方发大水，就连秋收都受到了影响。对此，朝廷一直很担心。但有些地方为了粉饰太平的景象，就虚报粮食的收成，多报开垦的土地，隐瞒逃荒的百姓人数，假报户口数量，还包庇盗贼。结果坏人没得到惩罚，官员任用出现乱七八糟的现象，地方选拔人才也不公平，贪污腐败的现象到处都是，面对这些情况，老百姓就遭了殃。你们这些刺史明明看到了这些问题，却装聋作哑，只知道讨好上面，一点都不敬畏老天爷，也不把老百姓的死活放在心上。朝廷之前宽容你们，那是因为情况特殊，别以为以后一直会这样下去，要是以后再犯同样的事，一定从严处理！各个地方的长官都得老老实实核查灾情，该免的田租就免掉。”
八月辛卯这天，小皇帝突然去世了。癸丑那天，皇帝的灵柩停放在崇德前殿。太后就赶紧和她哥哥车骑将军邓骘、虎贲中郎将邓悝等人在宫里商量对策。当天晚上，太后就派邓骘拿着符节，坐着王青盖车去接清河王的儿子刘祜，还让刘祜在殿里斋戒。接着太后就来到崇德殿，大臣们都穿着正式的礼服陪着，先封刘祜为长安侯，然后下诏书，让刘祜过继给孝和皇帝当儿子，还宣读了继位的命令。随后，太尉就把皇帝的玉玺交给了刘祜，刘祜就这样当上了皇帝，太后则是继续帮着处理朝廷大事。
太后又专门给司隶校尉、河南尹、南阳太守发诏书说：“以前外戚家的门客老是在朝廷捣乱，害苦了老百姓，就是因为执法太松，没及时治他们的罪。现在虽然车骑将军邓骘他们看起来挺老实的，但他们家族人多，亲戚朋友一大堆，难保不会有人干坏事。要是发现他们家的门客犯法，你们必须严格查办，不准包庇！”从这以后，只要是外戚亲属犯了罪，都得受到严惩。
到了九月，又有六个州发生了大水灾。丙寅日这天，朝廷就把去世的孝殇皇帝埋在了康陵。因为接连办丧事，老百姓被各种劳役折腾得苦不堪言，所以这次修陵墓和办丧事的费用，只花了原来预算的十分之一。乙亥日这天，陈留这个地方还掉下来了一块陨石。
随后，朝廷就下诏书任命北地的梁慬当西域副校尉。梁慬走到河西的时候，正好赶上西域好几个国家造反，还把西域都护任尚围困在疏勒。任尚被围困后，就赶紧写信向朝廷求救，朝廷收到消息后，就让梁慬带着河西四郡的羌、胡骑兵一共五千人去帮忙。结果梁慬还没到，任尚就已经解围了。朝廷就把任尚召回了京城，并让骑都尉段禧当西域都护，西域长史赵博当骑都尉。段禧和赵博守在它乾城，但这城地方太小，并不好防守。梁慬就想办法说服龟兹王白霸，让大家一起进城防守。白霸同意了，可龟兹的官员和百姓不同意，但白霸没听他们的。梁慬进城后，就马上派人去接段禧和赵博，三支队伍合起来有八九千人。结果龟兹的官员百姓还是造反了，还联合温宿、姑墨的几万大军，把它乾城给围了起来。梁慬他们出城迎战，结果把敌军打得大败。经过好几个月的战斗，敌军终于退走了，梁慬乘胜追击，杀了一万多人，抓了好几千俘虏，这才把龟兹的局势稳定下来。
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