后面逼的李自成没办法，只能对外宣称说找到了玉玺这才完成了他称帝的梦想
但随着吴三桂的心头好陈圆圆被李自成杀了，吴三桂悲痛欲绝当即宣布降清打开山海关放清军入关
1644年四月二十二日，清军与吴三桂合兵在山海关外“一片石—角山—渤海”一线，先让李自成与吴军两败俱伤，再于午后投入阿济格、多铎率领的精锐骑兵从右翼穿插，致大顺军全线崩溃。此役使李自成精锐折损、士气受挫，清军乘势入关并占领北京。随后清军一方面以政治手段安抚北方士绅，另一方面准备由山西—陕西两路合围大顺根据地
顺治元年（1644年）十月—十二月，清廷分兵两路：北路阿济格自陕北南下，南路多铎先解怀庆之围再逼潼关。十二月，多铎部以红衣大炮轰击关隘，大顺军多次夜袭失利；次年正月初九重炮就位后强攻入关，正月十二日潼关守将马世尧降清。潼关既失，关中无险可守，李自成遂弃西安东走
1645年初，清军两路入陕，李自成在潼关—西安一线连遭打击后东撤至湖广。同年四月，李自成在通山县九宫山被军中叛将李显如刺杀，大顺政权土崩瓦解，余部或降或散，难以再成气候
到这里，李自成的大顺政权彻底瓦解，占领北京的清军没有找到玉玺便让叛将寻找玉玺，当叛将李显如从李自成的尸体里找到那个包着玉玺的红布包时大喜过望，立刻带着”玉玺“前往北京面见顺治皇帝爱新觉罗·福临，当顺治皇帝见到那个红布包时顿时大喜过望，迫不及待打开了红布包，打开红布包后并没有出现顺治心心念念的大明传国玉玺而是一块和玉玺一样的四四方方的石头
顺治顿时恼怒当即下令将李显如以欺君之罪凌迟处死，李显如到死都没想到李自成也没找到玉玺而是用了一块石头冒充玉玺
随着玉玺的神秘丢失，顺治下达了全国搜寻玉玺的命令，此时满清并未完成全国的统一，南方仍然有一支明军力量
就在李自成被追杀的时候，1644年三月，李自成攻占北京，明思宗于煤山自缢，北方明廷覆灭；清军随即入关并定都北京，南北局势骤变。此时明朝在南京仍保有较为完整的官僚体系与财赋基础，具备迅速重建中央政权的条件。五月，南京方面遂决意拥立宗室重建朝廷
三月京师陷落后，福王朱由崧与潞王朱常淓避至淮安。南京兵部尚书史可法初主拥立“贤者”潞王，凤阳总督马士英则与江北诸将联络，力主立福王，形成“拥福”与“拥潞”两派。马士英一方面以兵权为后盾，促成江北四镇表态，另一方面在南京朝中推动誓文签名，造成既成事实。四月下旬，朱由崧自浦口渡江入南京，先以监国名义主持政务，随后登基称帝
1644年五月十五日，朱由崧在南京武英殿即皇帝位，改元弘光，是为弘光帝。登极诏书以“讨贼复仇”为号召，并颁“二十五款新政”（如减免钱粮、整顿漕运、激励垦屯等），但对策重点并未直接指向已据北京的清政权。由此，弘光政权在南京正式建立并开始运转
历史上是南明政权是由弘光帝朱由崧建立，但在这里，则是由南京兵部尚书史可法拥立的璐王朱常芳登基称帝
中枢方面，以史可法为东阁大学士入阁办事，参与机务；马士英亦入阁并掌兵权，形成以文官集团与拥立功臣相互制衡的格局。军事上，史可法部署江北四镇：刘泽清（淮、海）、高杰（徐、泗）、刘良佐（凤、寿）、黄得功（滁、和），与武昌的左良玉部共同构成江淮防线，企图凭江、淮天险阻遏清军南下
历史上弘光朝廷基本国策为“联虏平寇”，即谋求与清军合作，先合力消灭以李自成为首的大顺军，再图恢复。这一取向在朝中一度具有广泛共识，反映出江南官僚在军事与财政压力下的现实选择，但也为其后与清廷迅速决裂埋下伏笔
但朱常芳采取了和朱由崧截然不同的政策，他选择联合李自成共同对抗清军，但李自成的大顺军在清军的联合绞杀下很快灭亡，没有找到玉玺的顺治在剿灭大顺政权后立刻对南明朝廷发起了进攻
马士英在和史可法的拥帝之争中落败后一直心存不满，史可法镇守扬州时消极支援导致史可法独木难支被清军破城，史可法战死
1865年5月8号到9号清军乘大雾夜渡瓜洲，次日克镇江，江南江防门户洞开，南京战略态势急转直下，5月15号清军进攻南京，朱常芳带着最后的明军顽强抵抗，但马士英联合田雄，马得功等人消极抵抗导致清军入城，清军入城后对南京展开了血腥暴力的屠杀
朱常芳死战不退，但被马士英等人被刺皇宫大门敞开清军进入皇宫，马士英等人抓住朱常芳带头投降，朱常芳不堪其辱自杀殉国，南明政权自此覆灭
随着南明政权覆灭，顺治再次下达寻找玉玺的命令，但多铎把南京都翻过来了仍然没有找到玉玺，这让顺治大为恼火
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