三都友和版电影《你的名字》剧情与动画电影版剧情相差不大，但由于技术、环境、经费等问题，在拍摄手法和表达上，略有不同。
千年一遇的彗星即将掠过地球的消息，像一缕轻烟飘拂在日本的城乡上空，为两个原本毫无交集的年轻人的命运埋下了羁绊的伏笔。
在深山之中的糸守町，17岁的女高中生宫水三叶（新垣结衣饰演）过着压抑又单调的生活。她出身巫女世家，和年幼的妹妹四叶（谷花音）、年迈的外祖母宫水一叶（山村红叶饰演）相依为命。
三叶既要协助外祖母完成神社的古老仪式，穿着传统服饰在同学面前表演口嚼酒的献祭仪式，又要被迫卷入担任町长（镇长）的父亲的选举纷争。
闭塞的小镇、爱唠叨的老人、恶意的同级嘲讽，让三叶对遥远的大都市东京充满了炽热的憧憬，她常常对着天空许愿：“来世请让我做一个东京的帅哥吧！”
与此同时，在东京市中心的高中就读的17岁男生立花泷（孟良辰饰演），正过着截然不同的生活。
他课后在一家意大利餐馆打工，暗恋着温柔漂亮的同事奥寺前辈，闲暇时喜欢用素描本勾勒城市的建筑轮廓，和好友藤井司（熊野义贵饰演）、高木真太（上川大志饰演）一起在咖啡店畅谈未来。
看似充实的生活里，却藏着青春期特有的迷茫，直到一场离奇的梦境打破了这份平静。
某天清晨，三叶在陌生的房间醒来，发现自己竟然变成了男生的模样，周围是东京繁华的街景；而泷则在一间古朴的乡村小屋中睁开眼，胸前的异样触感和镜中扎着红色发绳的少女模样让他惊慌失措。
最初的混乱与无措过后，他们意识到彼此正在睡梦中交换身体。为了不打乱对方的生活，两人约定用手机日记交流，记录下交换期间需要注意的事项：三叶提醒泷不要迟到、好好打工，泷则叮嘱三叶不要勉强自己参与神社仪式。
在互换身体的时光里，他们渐渐融入了彼此的生活。
住进泷身体里的三叶，凭借女孩的细腻与真诚，不仅帮泷处理好了与同学的关系，还在打工时赢得了奥寺前辈（长泽雅美饰演）的好感，甚至大胆地帮泷向奥寺前辈发出了约会邀请。
而住进三叶身体里的泷，则用男生的直率与勇敢，狠狠回击了嘲笑三叶的同学，还凭借出色的绘画天赋帮三叶设计了神社活动的海报，让原本孤僻的三叶赢得了同学们的认可，她与名取早耶香（今田美樱饰演）和敕使河原克彦（山田凉介饰演）的感情更好了。
城乡生活的差异在交换中逐渐消融，两颗年轻的心在日复一日的了解中悄然靠近，从最初的互相捉弄变成了彼此牵挂，一种朦胧的情愫在时空交错中慢慢滋生。
然而，这份奇妙的联结突然中断了。
手机日记不再更新，两人再也没有在睡梦中交换身体。
泷心中涌起强烈的不安，他对着天空大喊三叶的名字，却得不到任何回应。
在与奥寺前辈的约会中，泷看着眼前的心仪对象，脑海里浮现的却是三叶的笑容，他终于认清自己早已爱上了那个远方的女孩。
为了寻找三叶，泷凭借交换身体时残留的记忆，用素描本画出了糸守町的轮廓——清澈的湖泊、古朴的神社、蜿蜒的山路，然后和好友奥寺美纪、藤井司一起踏上了寻找之旅。
历经辗转，泷终于找到了素描中的小镇，却得到了一个让他崩溃的真相：三年前，千年一遇的彗星分裂出的陨石恰好砸中了糸守町，整个小镇被夷为平地，包括三叶在内的所有居民都不幸遇难。
原来，他们不仅跨越了空间，更身处相差三年的时空维度，他所经历的身体交换，是与三年前的三叶产生的联结。
不愿接受这个事实的泷，在当地老人的指引下，想起了三叶曾提及的神社秘宝，存放在山顶御神体山洞中的口嚼酒。
外祖母曾说过，口嚼酒是巫女献给神灵的祭品，承载着宫水家族的“羁绊”。
泷艰难地爬上山顶，在布满结绳的山洞中找到了三叶亲手制作的口嚼酒。怀着孤注一掷的决心，他喝下了这杯带着少女体温的酒，强烈的眩晕感袭来，记忆碎片如潮水般涌来——彗星划过天际的瞬间、小镇毁灭的火光、三叶向流星许愿的模样。
再次醒来时，他发现自己又一次交换了身体，回到了彗星坠落的前一天，住进了三叶的身体里。
时间紧迫，泷立刻找到三叶的好友名取早耶香和敕使河原克彦，向他们说明彗星即将毁灭小镇的真相。
尽管两人半信半疑，但看着“三叶”坚定的眼神，还是决定帮忙。他们制定了详细的计划：炸掉小镇的发电站，制造紧急状况，再通过早耶香姐姐在市政厅工作的便利，截取镇上的广播，引导居民转移到不会被陨石击中的学校操场。
而这一切的关键，是说服担任町长的三叶父亲宫水俊树（高屿政伸饰演）下令组织疏散。
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