随后，明军再度入黄浦江，在杨家嘴地方登陆，一直攻到上海县的东沟、铁链一带，威逼上海县城和松江府城。清军沿江堵御，一时猝不及防，明军旋即退回崇明。
明军在长江沿岸频繁出击，清军往往是顾此失彼。这样的局面，一直持续到了苏松提督张天禄因隐瞒兵败被革职逮京听勘，苏松水师总兵王璟因防范不利而被参奏罢官，清廷调来了浙江宁波副将梁化凤来署理苏松总兵之职，才算是告一段落。
梁化凤，字翀天，陕西长安人。顺治三年武进士。曾从阿济格攻姜镶，因功于顺治八年借补江南芜永营参将，素以能征善战着称。张天禄、王璟已是宿将，但却实在拿明军的优势水师没有太大的办法。可是这梁化凤一旦到任，很快就将立足于此已近两载的明军赶出了崇明，几乎没有费太大的力气。
崇明不复，明军在长江口就失却了立足之地。很快的，到了九月，清廷在苏州、常州两府沿江复设福山、杨舍、江阴、靖江、孟河、永生诸营，并在沿江一带增设防汛兵丁1800名。如此，江防进一步得到了巩固，而没有崇明作为立足点，明军在长江也无法站住脚跟，只得退而南下返回福建。可也就在这个时候，张名振和张煌言却得到消息，说是郑成功又派出了一支大军北上，前来配合他们展开对南京的攻势。
然而，自家人知道自家事，张名振和张煌言已经在梁化凤面前碰了壁，清廷在这期间也不断的加强了长江的江防，再想要如去年三入长江那般深入，只怕是已经不可复制了。于是乎，在经过了简短的交流后，从崇明南下的张名振、张煌言，以及从福建出击的北上大军决定将目标调整为浙江沿海的舟山群岛，那一处鲁监国朝曾经的行在。
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